Synopsis
En l'an T.C. 4767, l'humanité a fui la Terre il y a quatre millénaires, faisant désormais face à une crise existentielle contre les Gnosis, des aliens hostiles. Pour combattre ce danger, Shion Uzuki, ingénieure chez Vector, a créé KOS-MOS, un androïde spécialisé aux capacités remarquables. Cependant, après que leur vaisseau a été anéanti par les Gnosis, Shion et ses alliés sont plongés dans un conflit chaotique sans alliés ni ennemis discernables.