Un an après avoir disparu, Shinpachi Shimura revient à Edo, pour trouver ses compagnons du Yorozuya, Gintoki et Kagura, agissant comme de parfaits inconnus. Paniqué par cette confusion, il fuit le quartier général et réalise que tous les habitants de la ville ont subi d'étranges changements d'apparence et de personnalité. Le rebondissement le plus incroyable est que sa sœur Otae est maintenant mariée au chef du Shinsengumi, le harceleur invétéré Isao Kondou, et attend leur premier enfant. Perdu mais poussé par Otae et Kondou, Shinpachi rejoint le Shinsengumi, où il découvre des modifications encore plus surprenantes au sein du groupe. Lorsqu'il apprend que Toushirou Hijikata, vice-chef, est resté exactement le même, il s'associe avec cet officier inchangé pour restaurer Edo dans son état antérieur. Poursuivant avec son mélange caractéristique d'humour grossier, de parodies pleines d'esprit et de références impertinentes, Gintama' emmène l'équipe du Yorozuya à travers une autre série d'aventures chaotiques dans le cadre animé et imprégné d'extraterrestres d'Edo.