L'histoire se déroule sur Iwado, une île isolée d'Okinawa où un mouvement croissant appelle à un retour à l'autonomie. Ao Fukai, un garçon de douze ans dont le père est absent, y réside avec un médecin âgé nommé Toshio et s'apprête à entrer au collège. Il y a dix ans, des inconnus ont emmené la mère d'Ao. Naru Arata, amie d'enfance d'Ao âgée de douze ans et héroïne de l'histoire, vit avec son père, sa sœur aînée et sa grand-mère. Un incident survenu dans sa jeunesse a éveillé en elle un pouvoir appelé « Yuta ». Soudain, une mystérieuse entité connue sous le nom de « Secret » apparaît et attaque la forme de vie Scub Coral sur l'île. Poussé par un féroce désir de protéger Iwado, Ao lance un certain FP militaire nommé « Nirvash » à bord d'un transport militaire japonais.