Shiki Ryougi, Mikiya Kokutou et Touko Aozaki commencent à enquêter sur un poseur de bombe après avoir vu une explosion à proximité. Ce même soir, Shiki aperçoit le poseur de bombe, et celui-ci devient obsédé par elle. Pour l'éliminer, le fou joue au chat et à la souris, tentant de l'attirer dans un parking vide. Les bombes ne sont pas sa seule arme : il a aussi la capacité de voir l'avenir, et il compte bien en finir avec Shiki.
Quelques jours plus tôt, à l'Académie des Filles Reien, l'élève Shizune Seo prévoit de rentrer chez elle pour l'été. En descendant d'un bus, elle a une vision du futur impliquant la mort d'une personne inconnue à proximité. Alors qu'elle tente d'avertir cette personne, elle rencontre Mikiya, qui utilise avec succès les informations de Shizune à bon escient.
Plus tard, un employé est envoyé en mission avec la fille de son employeur, âgée de 10 ans. Le sujet de son enquête s'avère être un fantôme du passé de tous les deux.
Mirai Fukuin raconte les histoires se déroulant pendant la chronologie principale des films Kara no Kyoukai, ainsi qu'une se déroulant dans le futur.