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L'Académie privée Hyakkaou se distingue des établissements classiques en préparant son élève aux réalités du monde adulte. Puisque la majorité des étudiants sont les héritiers de fortunes immenses, l'école observe des coutumes singulières. De jour, elle fonctionne comme une institution ordinaire avec des cours d'histoire et de langues. Mais dès la tombée de la nuit, le campus se mue en repaire de jeux d'argent, enseignant aux élèves à gérer les capitaux et à manipuler autrui. Dans cet univers, la richesse détermine l'influence, et ceux qui triomphent dans ces paris à haut risque accèdent au sommet de la hiérarchie sociale. Yumeko Jabami, une transférée d'apparence innocente et sublime, arrive avec une impatience brûlante de rejoindre ce programme étrange. Contrairement à ses camarades qui jouent pour l'argent, Yumeko ne cherche que l'adrénaline du pari. Son approche dangereusement déséquilibrée des mises menace de déstabiliser le système établi en introduisant une part d'imprévisible dans l'équation.

Au cœur de la terre se dresse un immense gouffre nommé l'Abysse, peuplé d'espèces étranges et truffé de reliques issues d'ères passées. Ses origines et la nature de ses profondeurs les plus abyssales demeurent des énigmes que d'innombrables explorateurs, surnommés les Plongeurs, ont tenté de percer en plongeant dans ses ténèbres les plus sombres. Parmi eux, les Sifflets Blancs, ces Plongeurs au courage et à la compétence légendaires, sont vénérés par ceux qui vivent en surface. Riko, fille de la disparue Lyza l'Annihilatrice, une célèbre Sifflet Blanc, aspire à suivre les traces de sa mère et à explorer les niveaux les plus profonds de l'Abysse. Toutefois, en tant que novice Sifflet Rouge, elle n'a le droit de descendre que jusqu'à la couche la plus haute. Un jour, elle découvre un mystérieux robot ayant l'apparence d'un garçon ordinaire. Elle lui donne le nom de Reg, qui ne conserve aucun souvenir de sa vie avant d'être trouvé. Confiante que la technologie constituant Reg provient des entrailles de l'Abysse, les deux enfants décident de plonger ensemble dans le gouffre : Reg pour retrouver ses souvenirs perdus et Riko pour contempler de ses propres yeux le fond du grand puits. Pourtant, ils ignorent encore les vérités cruelles qui les attendent au sein de la réalité véritable de l'Abysse.

Le Dr Kenzou Tenma, neurochirurgien d'élite récemment fiancé à la fille du directeur de son hôpital, s'apprête à gravir les échelons de l'institution médicale. Sa trajectoire bascule brutalement lors d'une soirée où un incident apparemment anodin change tout. Sur le point d'opérer un patient, il reçoit l'ordre du directeur de changer de priorité pour effectuer en urgence une chirurgie cérébrale sur un artiste célèbre. Si ses collègues, sa fiancée et le directeur célèbrent ce succès, cette décision entraîne la mort d'un travailleur immigré pauvre, plongeant le Dr Tenma dans une profonde crise morale. Quand une situation similaire se reproduit, le Dr Tenma maintient sa position et choisit d'opérer un jeune garçon nommé Johan Liebert plutôt que le maire de la ville. Cette décision lui vaut de lourdes conséquences, dont la perte de son statut social. Toutefois, après la mort mystérieuse du directeur et de deux autres médecins, la situation du Dr Tenma s'inverse : innocenté par l'absence de preuves, il est réhabilité et finit par devenir directeur de l'hôpital. Neuf ans plus tard, alors qu'il sauve la vie d'un criminel, le passé du Dr Tenma le rattrape : il se retrouve à nouveau face au monstre qu'il a opéré autrefois. Il doit alors entamer un périple de rédemption pour tenter de réparer le chaos engendré par celui qu'il a choisi de sauver.

Une tour mystérieuse fait appel à des individus sélectionnés, les Regulars, en promettant d'exaucer leurs vœux les plus ardents. Que ces désirs concernent la richesse, la gloire, le pouvoir ou quelque chose d'encore plus grand, tout est à portée de main pour ceux qui parviendront au sommet. Twenty-Fifth Bam a passé toute son existence dans une grotte obscure, ne connaissant qu'un chiffon déchiré et une lumière lointaine et inaccessible. Puis une jeune fille nommée Rachel est apparue à travers cette clarté, transformant radicalement son univers. Ils sont devenus de très proches amis, et Rachel lui a enseigné de nombreuses choses sur le monde extérieur. Cependant, lorsqu'elle lui a annoncé qu'elle devait partir pour gravir la Tour, son monde s'est effondré. Jurant de la suivre coûte que coûte, il a posé son regard sur la Tour, et un miracle s'est produit. C'est ainsi que débute le voyage de Bam : un garçon non choisi par la Tour, mais qui a réussi à en ouvrir les portes par ses propres moyens. De tels êtres sont appelés Irregulars, des entités qui ont secoué les fondations mêmes de la Tour à chaque fois qu'ils y ont pénétré.

Lain Iwakura, une adolescente de quatorze ans timide et maladroite socialement, reçoit un message électronique étrange de Chisa Yomoda, une camarade de classe qui s'est récemment suicidée. Bien que dépourvue d'intérêt ou d'expérience technologique, Lain ouvre le courriel, ce qui la projette dans le Wired, un réseau numérique de communication analogue à Internet. Son existence est bouleversée par une série d'énigmes mystérieuses. Des individus appelés Men in Black apparaissent dans son entourage, l'interrogeant avec une connaissance de sa vie qui dépasse sa propre conscience. À mesure que la frontière entre la réalité physique et le cyberespace s'estompe, Lain est entraînée dans des situations de plus en plus surréalistes qui défient les conceptions traditionnelles de l'identité, de la conscience et de la perception. Créée par Chiaki J. Konaka, l'auteur de Texhnolyze, Serial Experiments Lain est un mystère psychologique et avant-gardiste suivant les décisions cruciales de Lain, résonnant à la fois dans le monde tangible et dans le Wired. Seule Lain peut saisir le véritable poids de ces doubles existences alors qu'un royaume se ferme et qu'un autre s'ouvre.

Fille d'un apothicaire, Maomao voit sa vie tranquille brisée lorsqu'elle est vendue aux plus bas échelons du palais impérial. En tant que simple servante, elle dissimule son expertise médicale pour ne pas attirer les regards. Peu de temps après son arrivée, les jeunes enfants de l'empereur tombent victimes de symptômes graves et mystérieux, évoquant une malédiction. L'observatrice Maomao en identifie rapidement l'origine et tente de transmettre un indice de manière anonyme pour rester dans l'ombre. Cependant, Jinshi, un eunuque à la fois perspicace et charismatique, déjoue son stratagème et la reconnaît. Conscient de ses talents, il la fait promouvoir au poste de dame de compagnie de Gyokuyou, la concubine favorite de l'empereur. Alors que Maomao continue de soigner les diverses afflictions touchant la cour, ses compétences en pharmacologie se révèlent bientôt essentielles.

Alors que l'influence de Yumeko Jabami ne cesse de croître et que le conseil étudiant voit son autorité s'effriter, Kirari Momobami ordonne une restructuration majeure en lançant une élection présidentielle. Les règles sont sans appel : chaque élève de l'Académie privée Hyakkao reçoit un jeton unique, et au terme de trente jours, celui ou celle qui aura accumulé le plus grand nombre de jetons sera couronné nouveau président du conseil et successeur à la tête de la famille Momobami. Face à cette menace, les branches dissidentes du clan Momobami contre-attaquent en envoyant onze étudiants transférés à l'académie. Chacun de ces nouveaux venus est résolu à s'emparer du contrôle de l'école et de la hiérarchie familiale. Armés de capacités uniques, ils s'affrontent pour amasser le maximum de jetons, sachant tous que leurs ambitions vont bien au-delà de la simple collecte de suffrages.

Vers l'an 2011, une fraction de l'humanité a vu émerger des capacités psychocinétiques nommées Cantus. Plus d'un millénaire plus tard, dans le village de Kamisu 66, Saki Watanabe est la dernière de son groupe d'amis à révéler ses pouvoirs et à intégrer la Sage Academy, une école dédiée aux psychiques. Bien que tous les élèves y possèdent le Cantus, ils ne bénéficient pas d'un traitement égal ; peu après l'arrivée de Saki, un camarade jugé faible disparaît mystérieusement. Un jour, en rentrant chez elle accompagnée de ses amis — Maria Akizuki, déterminée ; Shun Aonuma, d'une grande intelligence ; Satoru Asahina, perspicace ; et Mamoru Itou, timide — elle croise la route de deux créatures inconnues appelées Monster Rats. Ces êtres ressemblant à des taupes vénèrent comme des dieux ceux qui maîtrisent le Cantus. Lorsque Saki utilise son pouvoir pour venir en aide à l'un d'eux dans une situation critique, elle est accueillie avec une profonde reconnaissance. S'interrogeant désormais sur la place des Monster Rats au sein de la société, Saki et ses compagnons découvrent une autre disparition. Avec le temps, ils cherchent progressivement des réponses aux mystères qui les entourent et commencent à réaliser que ce nouveau monde, en apparence parfait, dissimule l'histoire sombre de l'humanité.

Le plus grand assassin de l'histoire, ayant dédié toute son existence à l'organisation qui l'a formé, est trahi et exécuté par ce même groupe. Hanté par des regrets profonds, il rencontre une déesse fascinée par ses prouesses. Elle lui offre une seconde vie dans un monde fantastique où coexistent magie et acier, lui confiant une mission vitale : éliminer le héros destiné à anéantir ce monde. Reincarné sous l'identité de Lugh Tuatha Dé, héritier d'une noble famille d'assassins au service du Royaume d'Alvan, il acquiert auprès de son père des techniques qui contrastent avec son style impitoyable d'antan. Tandis qu'il affine ses autres talents et noue de nouveaux liens, Lugh reste douloureusement conscient que ses capacités actuelles demeurent insuffisantes. Pour mener à bien sa tâche divine, il doit atteindre une perfection absolue afin de vaincre un adversaire d'une telle redoutable puissance.

Yuuki Cross et le sévère Zero Kiryuu intègrent le comité disciplinaire de l'Académie Cross, une école scindée entre la Classe de Jour et la Classe de Nuit. Leur mission est d'assurer la sécurité lors des passages entre ces deux factions. Pourtant, les élèves de la Classe de Jour ignorent une vérité cruciale : ceux de la Classe de Nuit sont en réalité des vampires. Dix ans plus tôt, Yuuki a été épargnée lors d'une attaque par Kaname Kuran, un vampire Pur-sang. Kaname règne désormais sur la Classe de Nuit, et la fonction de Yuuki lui offre des occasions régulières de le voir, intensifiant des sentiments complexes. À l'inverse, Zero éprouve une haine viscérale envers les vampires, persuadé qu'une coexistence pacifique entre humains et vampires est impossible. Cependant, un secret enfoui dans le passé de Zero menace bientôt de renverser l'équilibre fragile de l'académie, promettant de bouleverser tout le statu quo.

Yoshino Takigawa, un lycéen lambda, entretient une liaison secrète avec Aika, la sœur cadette de son meilleur ami Mahiro Fuwa. À la suite du décès mystérieux d'Aika, Mahiro disparaît, obsédé par la volonté de traquer et de châtier le coupable. Yoshino tente de reprendre une vie normale sans nouvelles de Mahiro depuis un mois, jusqu'à ce qu'une jeune fille étrange le menace avec une arme. Mahiro intervient à la dernière seconde pour le protéger. Yoshino apprend alors que son ami a engagé les services d'une sorcière nommée Hakaze Kusaribe pour l'aider dans son enquête. Hakaze a cependant été exilée sur une île déserte suite à des conflits au sein de son clan. Son frère, Samon, cherche égoïstement à exploiter le pouvoir de l'Arbre de l'Exode, ignorant aussi bien les objections de Hakaze que la menace imminente pesant sur le monde. Hakaze étant indisponible, Yoshino et Mahiro doivent l'aider à sauver la planète, tout en dévoilant progressivement les secrets entourant la mort d'Aika.

Kazuya Kujou est un étudiant japonais en échange à l'Académie Sainte-Marguerite, un pensionnat luxueux situé dans le pays d'Europe du Sud, Sauville. À cause de ses cheveux noirs comme du jais et de ses yeux marron foncé, ses camarades l'évitent et lui collent le surnom de « Black Reaper », inspiré d'une légende urbaine sur un voyageur apportant la mort au printemps. Un jour, Kujou explore la bibliothèque extravagante de l'école à la recherche d'histoires de fantômes, mais son attention est rapidement captée par une mèche de cheveux dorée sur les escaliers. Ceux-ci le conduisent à un grand jardin où il rencontre Victorique de Blois, une jeune fille ressemblant à une poupée dont la clairvoyance complexe et imaginative lui permet de prédire leurs avenirs désormais liés. Tandis que d'autres mystères se multiplient, notamment l'apparition d'un navire fantôme et d'un alchimiste capable de transmutation, Victorique et Kujou, unis par le destin et leurs compétences uniques, ne peuvent compter que l'un sur l'autre.

Après avoir surmonté les épreuves féroces d'Idofront, Riko détient désormais un Sifflet Blanc, lui ouvrant la porte vers la sixième couche de l'Abysse, la Capitale des Sans-Retour. Accompagnée de Reg et de Nanachi, elle se lance à l'exploration de ces terres inconnues où reposent les ruines de la légendaire Cité Dorée. Tandis que le trio tente de s'adapter à un environnement hostile, ils font rapidement face à des créatures menaçantes et à un terrain traître. Leur voyage les conduit jusqu'à un village habité par des êtres étranges nommés les hollows. Malgré l'ambiance inquiétante qui les accueille, les trois aventuriers persistent pour percer les mystères de cette colonie et déterrer les héritages oubliés laissés par ceux qui sont autrefois descendus dans les horreurs inexplorées de l'Abysse.

Unis par un deuil commun, Nanachi, lasse, accompagne Riko et Reg dans leur descente vers les profondeurs de l'Abyss. Ils doivent traverser la Mer des Cadavres, la cinquième couche, qui marque la limite ultime pour un retour sans perte d'humanité. Sur leur route se dresse Bondrewd, un sadique masqué dont le laboratoire macabre constitue l'obstacle final pour quiconque souhaite aller plus loin. Ce scientifique sociopathe entend prélever un lourd tribut sur le groupe de Riko. Les méfaits passés de Bondrewd hantent Nanachi, provoquant chez elle une tourmente intérieure intense lors de leur confrontation. Le groupe découvre que la seule faille de Bondrewd est Prushka, une fille impulsive qui se prétend sa fille. Riko, Reg et Nanachi tissent des liens d'amitié avec Prushka et collaborent avec elle pour contrer les plans de son père et atteindre la sixième couche de l'Abyss.

Dans un futur lointain, un monde ravagé par six impacts de météorites est peuplé d'entités cristallines nommées Gems. Chaque Gem est assigné à une mission précise pour contrer les Lunariens, une espèce qui les attaque afin de briser leurs corps et de transformer les fragments en objets décoratifs. Phosphophyllite, surnommé Phos, est un Gem jeune et fragile désireux de participer au combat aux côtés de ses camarades. Toutefois, en raison de sa nature délicate, on lui impose plutôt la rédaction d'une encyclopédie. Entreprenant cette tâche à contrecoeur, Phos fait la rencontre de Cinnabar, un Gem intelligent relégué à la patrouille nocturne sur une île isolée à cause du poison corrosif que son corps émet. Touché par la détresse de Cinnabar, Phos décide de trouver un rôle que ces deux Gems rejetés pourraient apprécier. Houseki no Kuni suit la quête de Phos pour devenir utile et protéger ses semblables Gems.

Hiroshi Odokawa est un morse au tempérament excentrique et franc qui vit une existence en apparence banale en tant que chauffeur de taxi. Au cours de ses courses, il croise une foule de personnalités variées : Taichi Kabasawa, un chômeur assoiffé de notoriété sur Internet ; Miho Shirakawa, une infirmière au profil énigmatique ; le duo comique et malchanceux Homo Sapiens ; ainsi que Dobu, un délinquant notoire. Pourtant, la routine paisible d'Odokawa est bientôt perturbée lorsqu'une enquête concernant une jeune fille disparue vient le hanter. Il se retrouve dès lors traqué à la fois par des membres de la yakuza et par deux policiers corrompus.

Grâce à son intelligence vive et à ses vastes connaissances en pharmacologie et en toxines, Maomao a été cruciale pour résoudre les mystères et conspirations qui tourmentaient la cour impériale. Après avoir accepté la vérité concernant ses parents, elle reprend ses fonctions habituelles auprès des principales concubines de l'empereur. Par ailleurs, elle collabore avec l'eunuque Jinshi pour améliorer le quotidien des dames de compagnie en les aidant à apprendre à lire. Cependant, l'arrivée d'une caravane marchande introduit de nouvelles intrigues. Une série de coïncidences suspectes impliquant les voyageurs et leurs marchandises inquiète Maomao, l'incitant à enquêter sur les événements énigmatiques entourant le convoi. Alors que des menaces, tant externes qu'internes, menacent l'équilibre fragile entre les concubines impériales, Maomao fait appel à son astuce et à son expertise médicale pour protéger ces femmes du danger.

On dit qu'une seule image vaut mille mots, mais pour Cheng Xiaoshi et Lu Guang, elle dissimule d'innombrables mystères. Au sein d'un humble lieu nommé « Time Photo Studio », les deux amis offrent un service singulier : grâce à leur capacité exceptionnelle à pénétrer dans les photographies, ils s'immergent dans les clichés apportés par la clientèle pour répondre à leurs requêtes. En adoptant le point de vue du photographe, ils revivent l'instant capturé et tentent de débusquer la solution au désir de leur commanditaire. Pourtant, chaque incursion dans une photo les expose à un péril considérable. Une simple erreur pourrait altérer le destin de celui qui a pris la photographie, voire déclencher une chaîne d'événements imprévus. Alors que les situations qu'ils sont contraints de traverser dans ces images commencent à les toucher au plus profond, ils doivent mobiliser tout leur courage pour contenir leurs émotions et se concentrer sur la mission qui leur a été confiée.

Le tristement célèbre Shounen Bat sème la terreur dans toute la ville de Musashino. Équipé de rollers et armé d'une batte de baseball dorée, ce violeur reste insaisissable et mystérieux. Sa première cible, Tsukiko Sagi, une créatrice de personnages renommée mais timide, se voit suspectée d'inventer ces agressions. Seul Maromi, son peluche rose anthropomorphique, fait confiance à son innocence, tandis que Tsukiko devient l'une des nombreuses victimes. Alors que Shounen Bat multiplie ses attaques, les détectives Keiichi Ikari et Mitsuhiro Maniwa ouvrent une enquête pour identifier l'agresseur. Cependant, de nouvelles victimes tombent sous les coups de la redoutable batte dorée, et la nouvelle du coupable se propage à travers la ville. La paranoïa s'installe durablement alors que des rumeurs glaçantes circulent parmi les adultes comme les enfants. Les deux détectives parviendront-ils à révéler la vérité cachée derrière Shounen Bat, ou seront-ils eux-mêmes consumés par la paranoïa avant d'y arriver ?

Il y a longtemps, après la fin d'une guerre mondiale brutale, l'humanité chercha refuge dans six cités-États qui semblaient paisibles et idéales—du moins en apparence. Shion, un habitant d'élite du No. 6, vit sa vision du monde transformée par une rencontre fortuite avec un mystérieux garçon nommé Nezumi. Nezumi était l'un de ceux qui vivaient dans les terres désolées au-delà des murs de la cité, loin de la soi-disant utopie. Bien que sachant que Nezumi était un fugitif, Shion décida de l'héberger pour la nuit et lui offrit sa protection, ce qui entraîna de graves conséquences : à cause de ses actions, Shion et sa mère perdirent leur rang d'élite et furent envoyés ailleurs, et le côté sombre de la cité commença à se révéler. Aujourd'hui, longtemps après cette première rencontre qui changea leur vie, Shion et Nezumi sont enfin réunis. L'ancien élite et le garçon en fuite s'apprêtent à se lancer dans une aventure qui, avec le temps, exposera les vérités dévastatrices cachées dans le No. 6.

Par une journée caniculaire du 14 août, Shintarou Kisaragi est contraint de quitter sa chambre pour la première fois en deux ans. Après une dispute avec Ene, une fille numérique vivant dans son ordinateur, il renverse accidentellement du soda sur son clavier. Comme la plupart des magasins sont fermés pour les vacances d'Obon, ils n'ont d'autre choix que de se rendre dans un grand magasin local. Sortir à l'extérieur déclenche une anxiété intense, mais se passer de son ordinateur est impensable. Malheureusement, sa première sortie coïncide avec une terrifiante prise d'otages. Heureusement, un groupe d'adolescents aux pouvoirs oculaires mystérieux, appelé les Mekakushi Dan, aide Shintarou à résoudre l'incident. En conséquence, lui et Ene s'impliquent dans leur groupe. Leurs capacités semblent s'emboîter comme les pièces d'un puzzle, et à mesure que le passé de chaque membre se dévoile, le lien caché qui les unit tous émerge peu à peu.

Saya Otonashi mène une vie ordinaire avec sa famille adoptive à Okinawa City, semblant être une lycéenne typique. Ses seuls traits inhabituels sont une tendance à l'anémie et une absence totale de souvenirs antérieurs à l'année écoulée. Mais l'histoire oubliée de Saya refait surface lorsqu'elle est attaquée à l'école par une créature buveuse de sang. Un mystérieux homme nommé Haji intervient pour chasser le monstre. Lorsqu'il la force à boire son sang, Saya entre en transe et utilise son propre sang comme arme pour tuer facilement la bête. Saya découvre l'existence de Red Shield, une organisation créée spécifiquement pour combattre ces êtres monstrueux. Avec Haji, elle doit s'allier à Red Shield pour affronter les terrifiantes créatures et découvrir la vérité derrière ses souvenirs perdus.

Après le retour de Zero Kiryuu à l'Académie Cross, Yuuki Cross est profondément soulagée de le savoir en sécurité, mais elle voit qu'il a beaucoup changé. Tourmenté par des visions liées à ses choix passés, Zero tente de comprendre d'où elles viennent, ignorant que les réponses sont plus proches qu'il ne le pense. En même temps, Yuuki est victime d'hallucinations troublantes et se rend auprès de Kaname Kuran, vampire Pur-sang en qui elle a le plus confiance, pour l'aider à comprendre son passé caché. L'histoire s'achemine vers un moment crucial, en demandant ce qui se passera une fois que la vérité sera enfin révélée.

Après que son amie Kuroneko est morte dans un accident tragique lors d'une expédition pour trouver des preuves d'extraterrestres, Ryouta Murakami a passé dix ans dans le coma. Maintenant réveillé et de retour au lycée, il tient sa promesse d'honorer sa mémoire en cherchant des preuves de vie extraterrestre. Son monde bascule lorsque l'étudiante transférée Neko Kuroha apparaît, ressemblant exactement à son amie disparue et portant un nom similaire. Neko révèle qu'elle possède des pouvoirs surnaturels, entraînant Ryouta dans une lutte contre des scientifiques dangereux qui poursuivent des sorcières ayant fui un laboratoire secret. En tant que l'une de ces évadées, Neko et d'autres comme elle sont traquées, et Ryouta doit les protéger de leurs poursuivants.