Para mantener la paz en los océanos, se formó la PKN, compuesta por buques de guerra de última tecnología de varias naciones. Sin embargo, durante la ceremonia de fundación, fueron atacados por la organización no identificada USR, que buscaba el dominio mundial. La flota de la PKN no pudo igualar al submarino UX, comandado por el almirante Red de la USR. Pero un viejo submarino japonés, el 707, pilotado por el capitán Hayami con gran riesgo personal, acudió en su rescate.
Un año después, el recién desarrollado submarino 707 II—sucesor del 707, que fue destruido en la batalla anterior—zarpó. Entre su tripulación se encontraban los aprendices Kenji, Goro y Senta. La PKN reunió una flota liderada por el Gran Guardián, el último acorazado de Estados Unidos. Sin embargo, los ataques del Submarino U fueron devastadores y la flota fue derrotada. Entonces llegó el 707. En cuanto Red vio el 707, se regocijó al reencontrarse con su rival y entabló combate.
Huyendo del asalto del submarino, escondieron el 707 en un valle. Pero Red intentó destruir el valle, desencadenando torrentes de lodo para atrapar al 707. El 707 escapó por poco y entró en un cráter, solo para descubrir que era una capa de agua pura de la que el submarino no podía emerger. En ese momento, numerosos torpedos fueron lanzados contra el 707.
