Hace tres décadas, un devastador terremoto espacial arrasó el continente euroasiático, causando la muerte de más de 150 millones de personas en un evento de origen desconocido. Desde aquel momento, el mundo ha experimentado perturbaciones sísmicas periódicas, aunque de menor intensidad. Shidou Itsuka, un estudiante de secundaria ordinario que vive con su hermana menor Kotori, ve su vida alterada cuando un gigantesco terremoto espacial amenaza la Ciudad Tengu. Al correr para rescatar a Kotori, Shidou es arrastrado hacia el epicentro, donde se encuentra con una misteriosa chica conocida como un Espíritu, una entidad de otro mundo capaz de provocar tales catástrofes. Atrapado entre el Espíritu y el Anti-Spirit Team, un grupo militarista dedicado a su aniquilación, Shidou también conoce a Ratatoskr, una facción comprometida con la protección de los Espíritus. Lo notable es que esta organización es liderada por su propia hermana, Kotori. Ella recluta a Shidou para ayudar a neutralizar la amenaza mediante un método peculiar: debe lograr que los Espíritus se enamoren de él. Con la supervivencia del planeta en juego, Shidou debe confiar en su habilidad romántica para encantar a cada Espíritu y sellar su poder.