El impacto de un meteorito revela una nueva y potente fuente de energía llamada Beamler, que alimenta al robot de combate GoShogun y a la fortaleza teletransportadora Good Thunder. El Sindicato Criminal Docougar, liderado por Neo Neros, intenta robar este secreto energético del inventor de GoShogun, quien se quita la vida para impedir que lo obtengan. Neo Neros pone entonces como objetivo al hijo del inventor, pero el niño es rescatado y llevado a bordo de Good Thunder. Allí se une a la tripulación en su campaña global contra las fuerzas de Neo Neros usando GoShogun.
