En la región de Kanto, Satoshi es invitado por el profesor Yukinari Ookido a asistir a la ceremonia de inauguración del laboratorio del profesor Sakuragi en Ciudad Carmín. Durante la ceremonia, el profesor Sakuragi recibe una alerta sobre la posible aparición de un Pokémon raro en el puerto de Ciudad Carmín, lo que incita a Satoshi y a otros entrenadores a dirigirse allí en busca de la misteriosa criatura. En el puerto, encuentran a Lugia —un Pokémon legendario— luchando contra otros entrenadores.
Al observar los métodos de los entrenadores, Satoshi ordena a su compañero Pikachu que ataque a Lugia con un rayo Trueno. Sin verse afectado, Lugia huye, pero Satoshi salta sobre su lomo con determinación. Para su sorpresa, se encuentra con otro chico, Gou, que también ha saltado sobre el lomo de Lugia. Juntos, cabalgan a Lugia en una aventura salvaje a través de los mares. Cuando Lugia los devuelve a tierra firme, Satoshi y Gou se despiden de Lugia y regresan al Instituto Sakuragi.
Impresionado por las observaciones de Gou y las percepciones de Satoshi durante su encuentro, Sakuragi pide al dúo que se conviertan en sus nuevos compañeros de investigación. Así comienza su viaje, recorriendo múltiples regiones para encontrarse con muchos Pokémon nuevos, ¡incluidos aquellos capaces de gigamaximizarse!