Todo niño merece una infancia alegre y despreocupada. Desafortunadamente, la vida no siempre resulta así, como descubre Mary Lennox. A una edad muy temprana, Mary pierde a ambos padres por enfermedad, quedando traumatizada y sola. Es traída desde la India a Inglaterra para vivir con su tío, quien se convierte en su nuevo tutor.
Aunque entristecida por la muerte de sus padres, Mary se siente feliz y agradecida de que alguien cuide de ella. Puede comer todos los días y vive en una enorme mansión, cosas que sabe que no debe dar por sentadas. Pero su tío es un hombre muy callado que apenas habla con nadie. Esta soledad a menudo aburre a Mary hasta las lágrimas, obligándola a revivir terribles recuerdos de su pasado.
Un día, mientras pasea al aire libre, se topa con un jardín secreto cerca de su hogar. Junto con sus nuevos amigos, Dickon y Martha, y su primo discapacitado Colin, Mary se embarca en una aventura que sin duda iluminará su monótona vida al máximo.