Takashi Natsume y su compañero espiritual Madara, apodado "Nyanko", continúan devolviendo los nombres de los espíritus del Book of Friends que su difunta abuela Reiko Natsume le dejó.
Un día después de la escuela, Takashi se encuentra con un espíritu al acecho llamado Monmonbou, que recuerda recuerdos de su abuela al escuchar el nombre de Takashi. Impulsado por la curiosidad natural, Takashi visita un pueblo misterioso donde su abuela vivió una vez. Allí, se hace amigo de su vieja conocida Yorie Tsumura y del hijo de Yorie, Mukuo, aprendiendo más sobre el pasado de su abuela.
Mientras tanto, Nyanko se desvía para buscar comida y se topa con una sospechosa "Spirit Seed", que inesperadamente crece hasta convertirse en un árbol frutal durante la noche. Cediendo a la tentación, Nyanko come la fruta y se divide en tres seres separados. Para encontrar una manera de arreglar la condición de Nyanko, Takashi y sus amigos ayudan, y en el proceso, descubren más secretos ocultos en el pueblo.