La mayoría de la gente niega la existencia de alienígenas, viajeros del tiempo y esperes, y Kyon, un estudiante de secundaria corriente, no es la excepción. Sin embargo, su visión mundana se desmorona el primer día de clases al conocer a Haruhi Suzumiya, una chica determinada a alterar su realidad. Durante las presentaciones, Haruhi proclama en voz alta su desdén por las personas ordinarias y su anhelo de encontrar lo sobrenatural. Al notar que la escuela carece de un club dedicado a fenómenos paranormales, funda impulsivamente la «Spreading Fun all Over the World with Haruhi Suzumiya Brigade», más conocida como la Brigada SOS. Haruhi recluta a Kyon junto a otros tres estudiantes: Yuki Nagato, una lectora con actitud estoica; Mikuru Asahina, una estudiante mayor de carácter tímido; e Itsuki Koizumi, eternamente alegre. Aunque aparentan ser normales, cada miembro oculta secretos vinculados a la naturaleza excéntrica de Haruhi. Atraído a su mundo caótico, Kyon se une a la Brigada SOS en diversas aventuras que van revelando progresivamente la verdadera esencia de su enigmática líder.