En 2021, el virus parasitario Gastrea ha asolado a la humanidad, transformando a los infectados en horribles monstruos. Los supervivientes se refugian tras los muros Monolith, construidos con Varanium, la única sustancia capaz de contener a las criaturas. Para luchar contra esta amenaza mortal, la Seguridad Civil Tendo recluta a Iniciadores, niñas jóvenes que albergan trazas del virus y desarrollan poderes sobrehumanos. Cada Iniciadora se une a un Promoter, un adulto encargado de guiarla y protegerla, formando dúos que ejecutan misiones para aniquilar a los seres generados por la plaga. La historia sigue a Enju Aihara, una Iniciadora, y a su Promoter, Satomi Rentaro, mientras hacen frente al recrudecimiento de la crisis de los Gastrea en Tokio.