La mayoría de la gente descarta la existencia de extraterrestres, viajeros en el tiempo y espers, y Kyon, un estudiante de secundaria común, no es diferente. Su perspectiva mundana se hace añicos el primer día de clase cuando se encuentra con Haruhi Suzumiya, una chica decidida a trastocar su realidad. Durante las presentaciones en clase, Haruhi declara en voz alta su desprecio por las personas comunes y su deseo de encontrarse con lo sobrenatural. Al descubrir que la escuela carece de un club dedicado a fenómenos paranormales, forma impulsivamente la «Spreading Fun all Over the World with Haruhi Suzumiya Brigade», comúnmente conocida como la Brigada SOS. Haruhi entonces recluta a Kyon junto a otros tres estudiantes: Yuki Nagato, con afición por la lectura y actitud estoica; Mikuru Asahina, de mayor edad y carácter tímido; e Itsuki Koizumi, siempre alegre. Aunque parecen ordinarios, cada miembro guarda secretos relacionados con la naturaleza excéntrica de Haruhi. Atraído a su mundo caótico, Kyon se une a la Brigada SOS en varias aventuras que gradualmente revelan la verdadera naturaleza de su enigmática líder.