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El científico inventor Rintarou Okafe posee un impulso insaciable por el descubrimiento científico. Junto a Mayuri Shiina (de personalidad despistada pero bondadosa) y con quien comparte habitación, Itaru Hashida, Okabe establece el Future Gadget Laboratory, con el objetivo de crear avances tecnológicos que desafíen la comprensión humana. A pesar de las ambiciosas aspiraciones, el único invento notable del equipo hasta ahora es un microondas con la peculiar capacidad de convertir plátanos en un lodo verde. Cuando Okabe asiste a una conferencia sobre viajes en el tiempo, se encuentra con una cadena de sucesos extraños que sugieren que el artilugio "Phone Microwave" esconde mucho más potencial del asumido inicialmente. Capaz de enviar mensajes de texto al pasado a través del microondas, Okabe profundiza en esta máquina del tiempo improvisada, atrayendo la hostil atención de la misteriosa organización SERN. Este descubrimiento revolucionario sumerge a Okabe y sus amigos en un peligro constante. Mientras lucha por reparar el daño que su invento ha infligido en la línea temporal, Okabe no solo combate para proteger a quienes le importan, sino también para aferrarse a su propia cordura que se desmorona.

En el año 2010, el Sagrado Imperio de Britannia continúa su expansión como potencia militar dominante, comenzando con la conquista de Japón. Tras su rápida derrota, Japón es renombrado como Área 11, y su pueblo monta una resistencia significativa contra los opresores en busca de independencia. Lelouch Lamperouge, un estudiante britano, queda atrapado en un fuego cruzado entre las fuerzas britanas y los combatientes rebeldes del Área 11. Escapa gracias a la oportuna intervención de una misteriosa chica llamada C.C., quien le otorga el Geass, el "Power of Kings". Al darse cuenta del inmenso potencial de ese "poder de obediencia absoluta", Lelouch emprende un peligroso camino como el justiciero enmascarado Zero, liderando una despiadada campaña contra Britannia para lograr su venganza final.

Quince años después del catastrófico Segundo Impacto, la humanidad está asediada por colosales seres angelicales conocidos como Ángeles, que atacan Tokio-3 uno tras otro. A pesar de desplegar sus armas y estrategias militares más avanzadas, la humanidad es impotente contra ellos. La única esperanza reside en NERV, una organización secreta liderada por el frío Gendou Ikari. NERV opera robots humanoides gigantes llamados Evangelion, equipados con armamento de vanguardia y barreras protectoras llamados Campos de Terror Absoluto, para luchar contra los Ángeles. Tras años de abandono por parte de su padre, Shinji Ikari, de 14 años, regresa a Tokio-3. Constantemente lucha contra un profundo trauma por la pérdida de su madre y el abandono emocional de su padre. Con miedo a formar vínculos, la vida de Shinji cambia cuando conoce a Misato Katsuragi, de 29 años, una oficial de alto rango de NERV que le ofrece el calor maternal que nunca ha conocido. Un ataque repentino de un Ángel obliga a Shinji a actuar, revelando la verdadera razón por la que Gendou lo convocó: Shinji es el único que puede pilotar eficazmente la Unidad Evangelion-01, un nuevo robot que se sincroniza con sus señales biológicas. A pesar del severo tormento psicológico que supone pilotar un Evangelion, Shinji defiende Tokio-3 de la amenaza angelical, sin ser consciente de los oscuros planes de su padre.

Ha transcurrido un año desde la fallida Rebelión Negra contra el Sagrado Imperio de Britannia, durante el cual el justiciero enmascarado Zero desapareció. Privados de su líder revolucionario, los Black Knights, el grupo de resistencia del Área 11, quedan demasiado débiles para soportar la brutalidad intensificada que Britannia inflige a los Eleven para extinguir cualquier esperanza de futuros levantamientos. Mientras tanto, Lelouch Lamperouge, habiendo perdido todos los recuerdos de su doble vida, vive pacíficamente como estudiante de secundaria en Ashford Academy con sus amigos. Su antigua compañera C.C., incapaz de aceptar este cambio, se toma la tarea de recordarle su propósito pasado, esperando que el cerebro Zero se levante de nuevo para terminar lo que comenzó.

En un futuro lejano donde los enormes Klaxosaurios han llevado a la humanidad al borde de la extinción, los supervivientes se refugian en ciudades fortificadas llamadas Plantaciones. Allí, los niños son criados para pilotar mechas gigantes conocidos como FranXX en parejas de niño y niña, ya que son las únicas armas que pueden combatir a los monstruos. Mantenidos aislados, estos jóvenes no saben nada del mundo exterior y solo pueden justificar su existencia defendiendo su especie. Hiro, un niño que estaba destinado a convertirse en piloto, ha perdido su impulso y confianza tras fallar una prueba de aptitud. Se salta la ceremonia de graduación de su clase y se esconde junto a un lago en el bosque, donde se encuentra con una misteriosa chica con cuernos que se hace llamar Zero Two. Su nombre en clave la marca como la infame "Partner Killer", una piloto que ha llevado a la muerte a todos sus compañeros anteriores. Antes de que Hiro pueda comprender completamente el encuentro, un Klaxosaurio ataca la Plantación. Zero Two lucha contra la bestia en su FranXX pero sufre graves daños y se estrella cerca de Hiro. Al descubrir que su anterior pareja ha muerto, invita a Hiro a tomar los controles. Juntos, derrotan al Klaxosaurio con facilidad. Ahora emparejado con una nueva pareja, Hiro ve una oportunidad de redención, pero debe preguntarse qué precio exigirá esta segunda oportunidad.

En las profundidades de la tierra se encuentra un vasto abismo conocido como el Abismo, repleto de extrañas criaturas y reliquias antiguas de épocas pasadas. Sus orígenes y lo que existe en su punto más profundo siguen siendo misterios sin resolver que innumerables exploradores, llamados Buceadores, han arriesgado sus vidas para descubrir descendiendo a sus recovecos más oscuros. Los Buceadores más hábiles y valientes —los White Whistles— son celebrados como leyendas entre quienes permanecen arriba. Riko, la hija de la desaparecida White Whistle Lyza la Aniquiladora, sueña con seguir los pasos de su madre y explorar las profundidades más lejanas del Abismo. Sin embargo, ella es solo una Red Whistle novata, a la que se le permite aventurarse solo hasta la capa más superficial. Un día, se topa con un robot misterioso que parece un chico corriente. Ella lo llama Reg, y él no tiene memoria de lo que sucedió antes de su descubrimiento. Convencidos de que la tecnología detrás de Reg debe originarse en lo profundo del Abismo, los dos deciden emprender un viaje hacia la sima —Reg para recuperar sus recuerdos perdidos, y Riko para ver el fondo del gran pozo con sus propios ojos. Sin embargo, siguen sin ser conscientes de las crueles verdades que les esperan en la verdadera realidad del Abismo.

El 24 de diciembre de 2029 —una fecha que llegó a conocerse como «Lost Christmas»—, el Virus Apocalipsis se extendió por Japón, causando muertes masivas y sumiendo a toda la nación en un completo caos. Para restaurar el orden, las Naciones Unidas despliega el GHQ para gestionar la crisis conteniendo el brote, pero al hacerlo, despoja a Japón de toda su independencia política. Una década después, el país sigue bajo la autoridad del GHQ, sin poder escapar de su duro dominio. Descontentos con la situación del país, una facción rebelde llamada Funeral Parlor busca liberar a Japón del control del GHQ. Bajo el mando del carismático Gai Tsutsugami, el grupo planea robar un vial que contiene el «Void Genome» para avanzar en su causa. El vial termina en posesión de la cantante de internet Inori Yuzuriha, quien es perseguida por las fuerzas Anti-Bodies del GHQ. Sin un lugar donde escapar, se refugia en un almacén, donde se encuentra con Shuu Ouma, un torpe estudiante de secundaria que es un ávido fan de su música. Shuu se ve arrastrado al tumulto en el momento en que ayuda a Inori, y el Void Genome se rompe en su mano, otorgándole el «Poder de los Reyes». Mientras lucha por dominar esta formidable nueva habilidad, Shuu debe ahora luchar para liberar a Japón de sus crueles opresores.

Tras la muerte de una amiga cercana, Shinji Ikari cae en un coma emocional. Debido a que su hijo es mentalmente incapaz de pilotar la Unidad Evangelion-01, la NERV de Gendou Ikari se enfrenta a una carrera contra la organización secreta SEELE para ejecutar primero sus respectivos planes definitivos. SEELE pretende crear una entidad divina fusionando sus almas en una unidad Evangelion, mientras que Gendou busca revertir a toda la humanidad a una única forma primordial para reunirse con Yui, su difunta esposa. SEELE despliega su ejército para lanzar un ataque mortal contra el cuartel general de NERV. Mientras las tropas de SEELE masacran a científicos y personal de seguridad de NERV, Asuka Langley Souryuu pilota la Unidad Evangelion-02 en una última y desesperada defensa contra las armas más poderosas de SEELE. El conflicto se intensifica mientras un abatido Shinji se esconde en lo profundo de NERV. Con el destino del mundo en manos de Shinji, la capitana Misato Katsuragi busca al adolescente mientras la sociedad se desmorona a su alrededor.

Después de reprobar los exámenes de ingreso a la universidad, Tsukasa Mizugaki, de dieciocho años, consigue empleo en la Corporación de Inteligencia Artificial Sion aprovechando contactos personales. Esta organización fabrica Giftias, sofisticados androides casi indistinguibles de los humanos, aunque poseen una vida útil limitada de 81 920 horas, aproximadamente nueve años y cuatro meses. Tsukasa es asignado al Servicio Terminal Uno, una unidad encargada de recuperar a los Giftias que han alcanzado su fecha de caducidad para evitar que pierdan sus recuerdos y se vuelvan hostiles. Poco después de comenzar, se le empareja con Isla, una Giftia de impresionante belleza y veterana del Servicio Terminal. A pesar de su baja estatura y su actitud tranquila, es considerada la mejor experta en recuperaciones de Giftias. A medida que su tiempo juntos se acerca a su fin, Tsukasa debe enfrentar su creciente afecto por Isla, dándose cuenta de que, sin importar los deseos de uno, nada dura para siempre.

La República de San Magnolia afirma que su guerra en curso contra el Imperio Giadiano no causa víctimas, pero esto es simplemente propaganda. Mientras los Alba de cabello plateado de los ochenta y cinco sectores de la República viven seguros tras murallas protectoras, personas de apariencias diferentes son confinadas en una secreta facción número ochenta y seis. Conocidos dentro del ejército como los Eighty-Six, estos individuos se ven obligados a luchar contra la Legión autónoma del Imperio bajo el mando de los «Handlers» republicanos. Vladilena Milizé es asignada al escuadrón Spearhead como su nueva Handler, reemplazando a quien la precedió. Rechazada por sus compañeros por ser también partidaria de los Eighty-Six, continúa luchando contra la discriminación inhumana. Shinei Nouzen es el capitán del escuadrón Spearhead. Infame por ser el único superviviente de todos los escuadrones en los que ha estado, insiste en llevar los nombres y deseos de sus camaradas caídos. Cuando los destinos de estas jóvenes almas de dos mundos diferentes colisionen, ¿encenderá la chispa que ilumine su camino hacia la salvación, o se consumirán en las llamas de la desesperación?

Rintarou Okabe, el excéntrico autoproclamado científico loco, ha quedado reducido a una cáscara vacía tras el trauma de no haber logrado salvar a Makise Kurisu. Abrumado por la depresión, abandona su personaje de científico para vivir como un estudiante universitario común, intentando enterrar los horrores de sus experiencias con los viajes en el tiempo mientras está rodeado de amigos que siguen ignorando su pasado. Mientras trabaja como recepcionista en un foro de tecnología, Okabe se encuentra con Maho Hiyajo, una joven enérgica que más tarde actúa como intérprete durante una presentación de Alexis Leskinen. Durante el evento, Alexis y Maho presentan Amadeus, una innovadora IA capaz de simular los recuerdos, la personalidad y las peculiaridades de una persona con total fidelidad. Después de la presentación, Okabe descubre que Maho y Alexis eran compañeros universitarios de Kurisu y han creado una simulación digital de ella. Encargado por Alexis de investigar el comportamiento de la IA, Okabe obtiene la oportunidad de interactuar con el eco digital de la persona que perdió. Atrapado en un peligroso enredo con el pasado, debe enfrentarse a duras realidades y sortear las consecuencias nefastas de alterar el flujo natural del tiempo.

Lain Iwakura, una estudiante de catorce años, tímida y socialmente torpe, recibe un peculiar correo electrónico de Chisa Yomoda, una compañera de clase que recientemente se ha quitado la vida. A pesar de no tener interés ni experiencia con la tecnología, Lain abre el mensaje, que la transporta a la Wired, una red de comunicación digital similar a la internet del mundo real. Su existencia se ve trastocada al enfrentarse a una serie de enigmáticos acertijos. Individuos conocidos como los Men in Black comienzan a aparecer en su vecindad, interrogándola con un conocimiento de su vida que supera su propia conciencia de sí misma. A medida que la línea entre la realidad física y el ciberespacio se vuelve cada vez más difusa, Lain se ve arrastrada a situaciones cada vez más surrealistas que desafían las nociones tradicionales de identidad, conciencia y percepción. Creado por Chiaki J. Konaka, quien creó Texhnolyze, Serial Experiments Lain es un misterio psicológico y vanguardista que sigue las decisiones cruciales de Lain, que resuenan tanto en el mundo tangible como en la Wired. Solo Lain puede comprender el verdadero peso de estas existencias duales mientras un reino se cierra y otro se abre.

El primer día de su segundo año de secundaria de Naho Takamiya comienza con mal pie. Después de despertar tarde, descubre una misteriosa carta dirigida a ella, una que proviene de sí misma diez años en el futuro. Al principio, Naho duda, pero cuando los eventos descritos en la carta comienzan a desarrollarse exactamente como están escritos, acepta que realmente provino de su yo de 26 años. La carta explica que su vida futura está llena de arrepentimientos, y quiere que su yo más joven corrija los errores del pasado. También le advierte que vigile de cerca al nuevo estudiante transferido, Kakeru Naruse, porque ya no estará en el futuro. Con la carta como guía, Naho ahora tiene la oportunidad de proteger a Kakeru antes de que termine arrepintiéndose de nuevo.

Makoto Konno es una estudiante de último año de secundaria que lucha por decidir su futuro. Atrapada entre la presión de sus profesores y pasar tiempo con sus amigos más cercanos, su vida da un giro inesperado cuando descubre accidentalmente que tiene la capacidad de saltar literalmente a través del tiempo. Toki wo Kakeru Shoujo sigue a Makoto mientras experimenta con su nuevo poder. Sin embargo, pronto aprende por las malas que cada elección tiene una consecuencia, y que el tiempo es mucho más complicado de lo que parece.

Alrededor del año 2011, una pequeña parte de la humanidad comenzó a despertar habilidades psicoquinéticas conocidas como Cantus. Más de mil años después, en la aldea de Kamisu 66, Saki Watanabe es la última entre sus amigos en manifestar sus poderes e inscribirse en la Academia Sage, una escuela para psíquicos. Aunque todos los estudiantes allí poseen Cantus, no reciben un trato igualitario; poco después de que Saki comience, un compañero considerado más débil que el resto desaparece repentinamente. Un día, mientras camina a casa con sus amigos —la decidida Maria Akizuki, el inteligente Shun Aonuma, el observador Satoru Asahina y el tímido Mamoru Itou— se encuentra con dos criaturas desconocidas llamadas Ratas Monstruo. Estos seres parecidos a topos adoran a quienes manejan el Cantus como si fueran dioses. Cuando Saki usa su habilidad para ayudar a una de ellas a salir de un apuro, recibe una profunda gratitud. Comenzando a cuestionar el lugar de las Ratas Monstruo en la sociedad, Saki y sus compañeros descubren otra desaparición. Con el paso del tiempo, buscan gradualmente respuestas a los misterios que los rodean y empiezan a darse cuenta de que este mundo nuevo aparentemente perfecto oculta la oscura historia de la humanidad.

Katsuhira Agata es un estudiante de secundaria reservado e introvertido que ha perdido casi por completo la capacidad de sentir dolor. Su compañera de clase, Chidori Takashiro, es una de las pocas personas que recuerda cómo era Katsuhira antes de este cambio drástico. Debido a su actitud indiferente y sumisa, Katsuhira se convierte en un blanco fácil para los matones que le exigen grandes sumas de dinero; pueden golpearlo sin obtener mucha reacción, ya que él permanece emocionalmente distante. Un día, Katsuhira, Chidori y otros cuatro adolescentes son secuestrados y obligados a participar en el Sistema Kizuna como designados «Kiznaivers». Esta red conecta a los participantes a través del dolor compartido, de modo que cuando un miembro resulta herido, los demás sienten el mismo nivel de agonía. Asignados como sujetos de prueba de un sistema defectuoso destinado a crear la paz mundial, estos jóvenes están unidos por el destino. Para sobrevivir, deben mostrar su verdadero yo frente a los demás, o enfrentar consecuencias que van mucho más allá del fracaso del Sistema Kizuna.

Ichirou Inuyashiki, un hombre de 58 años, atraviesa una fase difícil en su vida. Aunque su dolor crónico de espalda es agonizante, no es nada comparado con la fría indiferencia y el desprecio que muestran su esposa e hijos. A pesar de ello, Ichirou encuentra consuelo en Hanako, una Shiba Inu abandonada que adopta. Su situación empeora cuando un chequeo de rutina revela que tiene cáncer de estómago y solo tres meses de vida; aunque intenta mantenerse fuerte, la apatía de su familia lo lleva a un colapso emocional. Huye a un campo cercano, abraza a su perro y llora, hasta que divisa una figura extraña frente a él. Entonces, un cegador destello de luz envuelve a Ichirou en humo y escombros. Cuando recupera la conciencia, se da cuenta de que algo ha cambiado: ha sido transformado en un arma mecanizada oculta bajo su apariencia original. Aunque al principio se sobresalta, el bondadoso Ichirou usa rápidamente sus nuevas habilidades para rescatar a alguien, un acto que lo llena de alegría y un renovado propósito. Sin embargo, el origen de estos poderes sigue siendo un misterio. ¿Quién era la enigmática figura en el lugar de la explosión, y comparte esa persona las intenciones benévolas de Ichirou al manejar esta fuerza peligrosa?

Aunque el Escuadrón Spearhead ha desaparecido en el horizonte, la incansable propaganda de la República de San Magnolia continúa sin cesar. Vladilena Milizé sigue sirviendo como "Handler One", al mando de otro escuadrón del deshumanizado sector 86 en el conflicto en curso contra la Legión. En el Frente Occidental, Shinei Nouzen y su escuadrón se encuentran en cuarentena en una base militar perteneciente a la República Federal de Giad, que en otro tiempo fue el Imperio Giadian. El recién formado gobierno concede a los Eighty-Six rescatados ciudadanía y libertad plenas. Son recibidos por el presidente Ernst Zimmerman, donde conocen a su hija adoptiva, la última emperatriz Augusta Frederica Adel-Adler. Sin embargo, en medio de la paz de esta apacible sociedad, Shinei y su equipo intuyen que su verdadera vocación se encuentra en el campo de batalla. Pronto se ven de vuelta en el asalto de la Legión como miembros del Escuadrón Nordlicht de la Federación, con Augusta Frederica acompañándolos. Pero mientras la historia se repite, llegan a comprender que, sin importar de qué lado luchen, la muerte y el sufrimiento en el frente son el único consuelo que han conocido.

Después de pasar un año en Estados Unidos, Kurisu Makise regresa a Akihabara y se reencuentra con Rintarou Okabe. Pero su tiempo juntos se ve interrumpido cuando Okabe comienza a tener visiones repetidas de otras líneas temporales, mientras las repercusiones de sus viajes en el tiempo empiezan a salir a la superficie. Estos efectos llevan eventualmente a que Okabe desaparezca repentinamente de la existencia, quedando solo la impactada Kurisu que lo recuerda. Enfrentando la desesperación, Kurisu debe tomar una difícil decisión que desafía sus principios científicos y su devoción como amiga: ya sea hacer caso a la advertencia de Okabe de evitar los viajes en el tiempo y prevenir el daño a las líneas del mundo, o ignorarla para salvar a la persona que más valora. Sea cual sea el camino que elija, su decisión impactará el pasado, el presente y el futuro.

Ambientado en un futuro devastado donde la única fortaleza humana superviviente en Japón es la fuertemente defendida metrópolis de Tokio-3, la historia sigue a Shinji Ikari, un chico de catorce años. Es convocado al cuartel subterráneo de NERV, una organización comandada por su distanciado padre, Gendou. Se le pide a Shinji que pilote un Evangelion, un mecha humanoide gigante diseñado para combatir a los Ángeles, seres extraterrestres monstruosos que causan destrucción generalizada y ponen en peligro la existencia de la humanidad. Aunque al principio duda, Shinji se deja persuadir por la perspectiva de reconectar con su padre y acepta unirse a la lucha desesperada contra la amenaza alienígena como piloto de Evangelion Unit-01. Colocado directamente en el fragor de un conflicto peligroso, debe reunir la fuerza y determinación para enfrentar los ataques de los Ángeles antes de que se acabe el tiempo.

A medida que la amenaza de los Ángeles se intensifica, las fuerzas de defensa de la humanidad, lideradas por NERV, están al límite. Shinji Ikari y Rei Ayanami reciben refuerzos de dos nuevos pilotos: Asuka Langley Shikinami, apasionada, y Mari Illustrious Makinami, enigmática. Pilotando sus unidades Evangelion, equipadas con armamento especializado para combatir a estos colosales enemigos, los cuatro adolescentes luchan valientemente por proteger a sus seres queridos y evitar una apocalipsis inminente. Sin embargo, la revelación de impactantes verdades puede obligarlos a enfrentar una realidad abrumadora: su adversario más formidable quizás no sean los Ángeles, sino la propia humanidad.

Tras sobrevivir a las brutales pruebas de Idofront, Riko posee ahora un Silbato Blanco, que le otorga paso a la sexta capa del Abismo—la Capital de los que no Regresan. Junto con Reg y Nanachi, Riko comienza a explorar este territorio inexplorado, donde yacen las ruinas de la prometida Ciudad Dorada. Mientras el trío se adapta al duro entorno, pronto se topan con criaturas peligrosas y un terreno traicionero. Su viaje los lleva a una aldea habitada por extraños seres llamados «huecos». A pesar de la inquietante atmósfera que los recibe, los tres continúan adelante para descubrir los secretos del asentamiento y los legados olvidados de los aventureros que una vez descendieron a los horrores del Abismo inexplorado.

Tras haber compartido su pena, Nanachi, con el agotamiento a cuestas, acompaña a Riko y Reg mientras se adentran más en el Abismo. Se enfrentan al Sea of Corpses, la quinta capa y el punto más profundo del que se puede regresar sin perder la humanidad. En su camino se interpone Bondrewd, un sádico enmascarado cuyo macabro laboratorio actúa como barrera final para quienes desean ir más allá. El científico sociópata pretende cobrar un alto peaje al grupo de Riko. Atormentada por la crueldad pasada de Bondrewd, Nanachi lucha con una intensa agitación interior ante su reaparición. El grupo descubre que la única vulnerabilidad de Bondrewd es Prushka, una chica impulsiva que afirma ser su hija. Riko, Reg y Nanachi se hacen amigos de Prushka y colaboran con ella para frustrar los planes de su padre y alcanzar la sexta capa del Abismo.

Cuando las computadoras comienzan a parecerse a los humanos, ¿permanece el concepto de amor sin cambios? Hideki Motosuwa es un joven del campo que trabaja duro para aprobar sus exámenes de ingreso a la universidad. Proveniente de una familia pobre, apenas puede costear sus gastos diarios, y mucho menos la última moda: los Persocom—ordenadores personales que tienen exactamente la apariencia de seres humanos. Una noche, de camino a casa, se topa con una Persocom abandonada. Tras llevarla a casa y encenderla con éxito, parece estar defectuosa: solo puede decir una palabra: «Chii», que se convierte en su nombre. A diferencia de otros Persocom, Chii no puede descargar datos en su disco duro, lo que obliga a Hideki a enseñarle el mundo a la antigua usanza mientras estudia para sus exámenes universitarios. Junto con sus amigos, Hideki intenta resolver el misterio detrás de Chii, quien podría ser un «Chobit»—una leyenda urbana sobre unidades especiales capaces de tener emociones y pensamientos genuinamente humanos, así como amor por su dueño. Pero, ¿puede realmente desarrollarse un romance entre un Persocom y un humano?