Quince años después del catastrófico Segundo Impacto, la humanidad está asediada por colosales seres angelicales conocidos como Ángeles, que atacan Tokio-3 uno tras otro. A pesar de desplegar sus armas y estrategias militares más avanzadas, la humanidad es impotente contra ellos. La única esperanza reside en NERV, una organización secreta liderada por el frío Gendou Ikari. NERV opera robots humanoides gigantes llamados Evangelion, equipados con armamento de vanguardia y barreras protectoras llamados Campos de Terror Absoluto, para luchar contra los Ángeles.
Tras años de abandono por parte de su padre, Shinji Ikari, de 14 años, regresa a Tokio-3. Constantemente lucha contra un profundo trauma por la pérdida de su madre y el abandono emocional de su padre. Con miedo a formar vínculos, la vida de Shinji cambia cuando conoce a Misato Katsuragi, de 29 años, una oficial de alto rango de NERV que le ofrece el calor maternal que nunca ha conocido.
Un ataque repentino de un Ángel obliga a Shinji a actuar, revelando la verdadera razón por la que Gendou lo convocó: Shinji es el único que puede pilotar eficazmente la Unidad Evangelion-01, un nuevo robot que se sincroniza con sus señales biológicas. A pesar del severo tormento psicológico que supone pilotar un Evangelion, Shinji defiende Tokio-3 de la amenaza angelical, sin ser consciente de los oscuros planes de su padre.