Sinopsis
En un remoto desierto del Planeta Zi, un chico llamado Van tropieza con una instalación abandonada y en ruinas. En su interior, descubre un misterioso capullo opaco que se abre por sí solo, revelando un robot con forma de dinosaurio llamado "Organoide". Van nombra a la criatura Zeke y la reclama como suya, pero pronto una banda de bandidos lo persigue para apoderarse del Organoide. Estos bandidos están armados con "Zoids", unidades mecánicas con forma de bestia diseñadas para el combate. Van logra repelerlos al revivir y fusionarse con un viejo Zoid conocido como el "Shield Liger". Van regresa a la instalación con Zeke y encuentra otro capullo. Emocionado ante la perspectiva de un segundo Organoide, observa cómo el capullo se abre, pero en lugar de un robot, aparece una chica. Ella no tiene recuerdos de su pasado, solo sabe que su nombre es Fiona y que debe encontrar un objeto llamado el "Zoid Eve". Decidida a descubrir la verdad detrás de su existencia, Fiona se embarca con Van y Zeke para descubrir qué es realmente el Zoid Eve. En su viaje, el trío se encuentra con muchos aliados y enemigos, enfrentando diversos peligros y compartiendo momentos de alegría mientras viajan.