Die meisten Menschen bestreiten die Existenz von Außerirdischen, Zeitreisenden und Hellsehern, und der gewöhnliche Oberschüler Kyon ist da keine Ausnahme. Doch seine banale Sichtweise zerbricht am ersten Schultag, als er Haruhi Suzumiya trifft, ein Mädchen, das entschlossen ist, seine Realität auf den Kopf zu stellen. Während der Vorstellungsrunde in der Klasse erklärt Haruhi lautstark ihre Verachtung für gewöhnliche Menschen und ihren brennenden Wunsch, dem Übernatürlichen zu begegnen. Als sie feststellt, dass die Schule keinen Verein für übernatürliche Phänomene hat, gründet sie spontan die Brigade zur weltweiten Verbreitung von Spaß mit Haruhi Suzumiya, allgemein bekannt als SOS-Brigade. Haruhi rekrutiert daraufhin Kyon sowie drei weitere Schüler: die stoische Büchernärrin Yuki Nagato, die schüchterne Seniorin Mikuru Asahina und den stets fröhlichen Itsuki Koizumi. Obwohl sie alle gewöhnlich wirken, birgt jedes Mitglied Geheimnisse, die mit Haruhis exzentrischer Natur verknüpft sind. Von ihrer chaotischen Welt in den Bann geschlagen, schließt sich Kyon der SOS-Brigade an und erlebt diverse Abenteuer, die nach und nach die wahre Natur ihrer rätselhaften Anführerin enthüllen.