Nach dem Tod eines engen Freundes fällt Shinji Ikari in ein emotionales Koma. Da sein Sohn geistig nicht in der Lage ist, Evangelion Unit-01 zu pilotieren, liefert sich Gendou Ikaris NERV ein Rennen mit der Schattenorganisation SEELE, um deren jeweilige ultimative Pläne zuerst auszuführen. SEELE beabsichtigt, eine gottähnliche Entität zu erschaffen, indem sie ihre Seelen in eine Evangelion-Einheit verschmelzen, während Gendou darauf abzielt, die gesamte Menschheit in eine einzige ursprüngliche Form zurückzuversetzen, um sich mit Yui, seiner verstorbenen Frau, wiederzuvereinen. SEELE setzt sein Militär ein, um einen tödlichen Angriff auf das NERV-Hauptquartier zu starten. Während SEELEs Truppen NERV-Wissenschaftler und Sicherheitspersonal massakrieren, pilotiert Asuka Langley Souryuu Evangelion Unit-02 in einer letzten, verzweifelten Verteidigung gegen SEELEs mächtigste Waffen. Der Konflikt verschärft sich, während ein niedergeschlagener Shinji tief im Inneren von NERV versteckt. Mit dem Schicksal der Welt in Shinjis Händen sucht Kapitän Misato Katsuragi nach dem Jugendlichen, während die Gesellschaft um sie herum zusammenbricht.