Im Jahr 1988 löst ein Junge mit psychischen Kräften eine verheerende Explosion in Tokio aus, die den Dritten Weltkrieg auslöst. Um weitere Zerstörungen zu verhindern, wird er inhaftiert und der Öffentlichkeit entzogen. Drei Jahrzehnte später plagen Bandenkriege und regierungsfeindlicher Terrorismus das wiederaufgebaute Neo-Tokio. Shoutarou Kaneda führt "die Capsules", eine Gruppe von Straßengangstern, die für ihre riesigen, maßgefertigten Motorräder und den andauernden Konflikt mit ihren Rivalen, "den Clowns", bekannt sind. Bei einem Zusammenstoß mit diesen Rivalen kommt Kanedas bester Freund, Tetsuo Shima, mit einem Esper in Kontakt, der aus einer Regierungsanlage geflohen ist. Dieser Vorfall weckt in Tetsuo verborgene, gefährliche Kräfte. Während die Behörden versuchen, diese neue psychische Bedrohung unter Kontrolle zu bringen, bevor sie die Stadt erneut vernichten kann, rücken Tetsuos eskalierende Fähigkeiten ihn ins Zentrum des Chaos.