Yagi Takeru lebt seit dem Verlust seiner Eltern unter dem Dach der Touma-Familie und wird vom Familienoberhaupt, Touma Rokunosuke, großgezogen. Seine Tage sind erfüllt von der Gesellschaft von Yamato Takeshi, seinem besten Freund und Rivalen aus dem Kendo-Club, den Shiratori-Schwestern Kotono und Asuka, und Oosu Seri, einer Person aus seiner Kindheit. Das Leben scheint friedlich, bis eines Tages ein Erdbeben die Schule erschüttert und alles auf den Kopf stellt. Als Takeru wieder zu sich kommt, stellt er fest, dass die Schule zu Ruinen verfallen ist, als wäre sie jahrhundertelang verlassen gewesen. Er erkennt, dass alle Lehrer und Schüler verschwunden sind. Er trifft sich wieder mit Seri und Asuka, und sie fliehen aus den Ruinen, nur um festzustellen, dass die Stadt, die sie einst kannten, völlig verlassen ist. Dann erscheinen Gestalten in Umhängen vor ihnen und teilen ihnen mit, dass sie in eine andere Welt versetzt wurden.