Takashi Natsume, ein Junge, der Youkai wahrnehmen kann, setzt seine Reise fort, Geister von den im „Buch der Freunde“ aufgezeichneten Verträgen zu befreien, unterstützt von seinem Leibwächter Madara, auch bekannt als Nyanko-sensei. Als Natsume seine Fähigkeit, Youkai zu sehen, mehr und mehr akzeptiert, hört er auf, sie als Last zu betrachten. Wenn er Zeit mit seinen menschlichen Begleitern und seinen Youkai-Freunden verbringt, beginnt er, sie sehr zu schätzen, und erkennt, dass er nicht zwischen der Menschenwelt und der Geisterwelt wählen muss, um Erfüllung zu finden.