Im Jahr 2311 n. Chr. wurde eine Welt, die einst interkontinentale Konflikte erlebte, unter der Earth Sphere Federation (ESF) vereint. Die ESF schuf eine präventive Militäreinheit namens A-Laws, die damit beauftragt wurde, gewalttätige terroristische Organisationen zu beseitigen. Als die A-Laws zunehmend rechtliche Befugnisse erlangen, beginnen sie, das Gesetz zu ihren eigenen Zwecken zu verdrehen und die Bürger der Erde mit eiserner Faust zu regieren.
Als Reaktion auf die faschistischen Aktionen der A-Laws taucht die Anti-Terror-Gruppe Celestial Being wieder auf. Bewaffnet mit hochmodernen Mobile Suits, bekannt als Gundam, beginnen die Piloten von Celestial Being einen neuen Krieg gegen die A-Laws, um deren tyrannischen Machtmissbrauch zu stoppen.
Setsuna F. Seiei, der den Gundam Exia steuert, führt die Bemühungen gemeinsam mit seinen Mitstreitern, den Gundam Meisters Lockon Stratos, Allelujah Haptism und Tieria Erde, an. Auf seinem Weg deckt Setsuna eine verschwörerische Intrige auf, die von einer neuen Fraktion, den Innovators, vorangetrieben wird, und muss sich seinen eigenen vergangenen Wunden und verbliebenen Geistern stellen, um eine Welt zu retten, die ihn verabscheut.