Nach zweieinhalb Jahren intensiven Trainings fernab von Konohagakure, dem Versteckten Blattdorf, kehrt Naruto Uzumaki zurück. Ereignisse, die er durchlebte, haben seinen Willen, stärker zu werden, unerschütterlich gefestigt. Währenddessen rückt Akatsuki, die rätselhafte Organisation aus elitären, abtrünnigen Ninja, ihrer gefährlichen Zielsetzung näher: Ein ehrgeiziger Plan, der die gesamte Shinobi-Welt bedroht.
Obwohl Naruto nun älter ist und dunklere Gefahren lauern, hat sich seine Grundnatur kaum gewandelt. Er bleibt laut und kindisch, doch sein Selbstvertrauen ist gewachsen und sein Entschluss, Freunde und Heimat zu schützen, wie nie zuvor gefestigt. Egal welche Hindernisse ihm in den Weg treten, Naruto wird für das kämpfen, was ihm am wichtigsten ist, selbst wenn es seinen eigenen Körper kostet, während sich die Geschichte des Jungen fortsetzt, der davon träumt, eines Tages Hokage zu werden.