Handlung
Ein Dutzend Jahrtausende nach den Ereignissen von Genesis Aquarion lebt die Menschheit auf dem Stern Vega, der ständig von transdimensionalen Plünderern bedroht wird, die Abductors genannt werden. Diese Feinde kommen von Altair, Vegas Schwesterstern, und greifen Vega an, um Menschenleben zu stehlen. Als Reaktion wurde die Organisation Neo-DEAVA gegründet, um die Abductors zu bekämpfen. Ihre Piloten nutzen fortschrittliche Mech-Anzüge namens Aquaria, die streng nach Geschlecht getrennt sind. Jungen und Mädchen ist es verboten, miteinander zu interagieren, und sie werden sogar davon abgehalten, auf demselben Schlachtfeld zu kämpfen. Doch als ein fortschrittlicher Abductor-Mech erscheint, ändert sich alles. Zwei Teenager, Mikono und Amata, werden in den Konflikt hineingezogen. Ohne es zu begehen, begeht Amata ein Tabu, indem er eine Aquaria beschwört und die Forbidden Union zwischen männlichen und weiblichen Aquaria einleitet. Neo-DEAVA ist entsetzt, und die Konsequenzen von Amatas Handlungen reichen weit über das hinaus, was er versteht. Wie konnte er eine Aquaria beschwören? Wo lernte er, die Forbidden Union durchzuführen? Und warum konnte auch Mikono diesen Mech pilotieren?
Hintergrund
Die ersten beiden Episoden wurden zusammen als eine einstündige Sondersendung ausgestrahlt.