Handlung
Vor langer Zeit griff eine Rasse namens Shadow Angels die Erde an, um die Lebenskraft aller Bewohner zu rauben. Durch ein außergewöhnliches Wunder fielen die Shadow Angels in einen Dornröschenschlaf, sodass die Menschheit weitere 12.000 Jahre ohne Furcht vor ihnen überleben konnte. 11 Jahre nach einer Katastrophe, die als Holy Genesis bekannt ist und den Planeten verwüstete, erwachten die Shadow Angels jedoch und setzten ihre Angriffe fort. Um der Menschheit eine Chance zu geben, wurde eine Organisation namens DEAVA gegründet und eine Roboterwaffe namens Aquarion eingesetzt. Um das volle Potenzial von Aquarion zu entfalten, müssen drei Piloten ihre Herzen, Körper und Seelen vereinen – eine Leistung, die nur wenige vollbringen können. Folglich wurde die Suche nach sogenannten 'Element Usern' zur Priorität, in der Hoffnung, die Zukunft der Menschheit zu sichern. Sousei no Aquarion folgt der Geschichte von Apollo, einem fast wilden jungen Mann, der in Armut aufwuchs und als die Wiedergeburt eines legendären Helden gilt. Nachdem sein bester Freund von den Shadow Angels entführt wurde, beschließt Apollo, Pilot des Aquarion zu werden. Kann er das Blatt des Krieges wenden und die Menschheit ein für alle Mal von der Bedrohung durch die Shadow Angels befreien?