Handlung
Die Besatzung der Osiris entdeckt eine Armee, die sich darauf vorbereitet, Zion anzugreifen. Ein Besatzungsmitglied rast ins Innere der Matrix, um die Nachricht nach Zion zu überbringen, während die anderen verzweifelt versuchen, ihr genug Zeit zu verschaffen, und sich gegen eine Flut von Sentinels wehren, die sie unmöglich besiegen können. Die Menschen erschaffen die ultimative KI, die so intelligent ist wie sie selbst. Es treten jedoch Komplikationen auf, als diese Roboter und Menschen versuchen, friedlich zusammenzuleben, was schließlich zu einem totalen Krieg führt. Die Menschen verlieren den Krieg letztendlich und werden gefangen in der Matrix, wie in den Realfilmen gezeigt. Ein junger Mann entdeckt, dass seine Welt nicht real ist – es ist ein computergeneriertes Fantasieland, das von Robotern erschaffen wurde, die Menschen zur Energiegewinnung ernten. Er entkommt mit Hilfe des Hacker Neo. Cis und Duo liefern sich eine Schlacht in einer virtuellen Nachbildung des feudalen Japans. Während er das schnellste Rennen seines Lebens läuft, bricht ein Meister-Trackstar kurz aus seiner computergenerierten Welt aus. Als er in die reale Welt zurückkehrt, hat er keine Erinnerungen und wird in ein Pflegeheim eingewiesen. Während sie nach ihrem verlorenen Haustier sucht, trifft eine junge Frau in Tokio Kinder, die in einem 'Spukhaus' spielen, das eigentlich ein Glitch in ihrer Computerwelt ist. Ein Detective namens Ash wird von einer mysteriösen Organisation gerufen, um den berüchtigten Hacker Trinity zu jagen. Eine Gruppe von Wissenschaftlern fängt einen Roboter und setzt ihn in eine surreale Fantasiewelt. Als die Verbündeten des Roboters eintreffen und die meisten Wissenschaftler töten, sind der Roboter und der letzte verbliebene Wissenschaftler mit der Isolation in der computergenerierten Welt konfrontiert.
Hintergrund
Der Film gewann 2003 den Annie Award für die beste animierte Heimvideo-Produktion.