Spielleiter Takanaka Eiji ist der Spitzen-Spieler auf dem virtuellen Circuit, aber er gerät in Schwierigkeiten, als er bei der E=X Corp anfängt. Wie vor ihm Shogo wird Eiji in einen tödlichen Konflikt verwickelt, der erneut die als EVE bekannte künstliche Intelligenz involviert. Aber ist das dieselbe EVE? Verborgene Geheimnisse liegen unter Eden City und in den Ruinen der alten Megazone.