Handlung
Narumi Katou, ein Mann mittleren Alters, leidet am seltenen und unerklärlichen ZONAPHA-Syndrom, das willkürlich schwere Krampfanfälle auslöst, die nur gelindert werden können, wenn er jemanden lachen sieht. Während eines Nebenjobs trifft er auf einen jungen Jungen, der einen großen Koffer trägt und vor drei Erwachsenen flieht. Der Junge, Masaru Saiga, enthüllt, dass er nach dem kürzlichen Tod seines Vaters der neue Erbe des riesigen Saiga-Konzerns ist und dass andere Familienmitglieder ihn ermorden wollen, um das Erbe an sich zu reißen. Entschlossen, das Kind zu beschützen, hilft Narumi Masaru bei der Flucht und bekämpft ihre Verfolger, nur um herauszufinden, dass es sich um empfindungsfähige menschenähnliche Puppen mit übermenschlicher Stärke handelt. Als Narumi kurz vor der Niederlage steht, erscheint ein weißhaariges Mädchen und beschwört eine weitere Puppe aus dem Koffer des Jungen; sie stellt sich als Shirogane vor, Masarus Beschützerin. Karakuri Circus folgt drei Individuen aus verschiedenen Lebensbereichen, deren Schicksale sich verflechten und wieder trennen, während sie die Geheimnisse einer alten Geschichte von Liebe und Verrat sowie den lange währenden Konflikt zwischen Menschen und Puppen aufdecken.