Handlung
Zweiunddreißig Jahre nachdem die Invasoren zum ersten Mal besiegt wurden, wurde A.E.G.I.S weitgehend aufgelöst, reduziert auf eine Untergrundgruppe mit nur einer Handvoll Gate Keepers, die übrig sind, um die Menschheit zu schützen. Unter ihnen ist Ayane Isuzu, die eine tiefe Abneigung gegen die Gesellschaft hegt, aber dennoch aus Groll gegen ihren Vater weiter gegen die Invasoren kämpft. Als sie entdeckt, dass Machine General (Kikai Shogun) und Devil Count (Akuma Hakushaku) wiederauferstanden sind – und nun von einem mysteriösen Geistermädchen begleitet werden – müssen Ayane und die verbleibenden Mitglieder von A.E.G.I.S sich erheben, um sie aufzuhalten und die Menschheit erneut zu retten.