En el decaído Pueblo Tison, perteneciente al Imperio Parthevia, nace Sinbad de Badr, un veterano soldado agotado, y su compasiva esposa Esra. Su llegada al mundo desencadena una oleada luminosa en el rukh, anunciando a los magos más poderosos que el «Niño del Destino» ha nacido. A pesar de la penuria económica y las heridas de guerra que aquejan a su nación, Sinbad goza de una infancia feliz hasta que un desconocido irrumpe en su tranquilidad, trayendo consigo la tragedia.
Años después, extrañas estructuras llamadas «dungeons» surgen por todo el planeta; se dice que albergan un poder inmenso y tesoros. Aventureros y ejércitos son atraídos por ellas, pero nadie ha vuelto con vida. Ahora, con catorce años, Sinbad ha crecido hasta ser un joven encantador y dotado. Motivado por los eventos traumáticos de su niñez y las enseñanzas de su padre, anhela explorar más allá de su aldea. Como si el destino lo guiara, conoce al misterioso viajero Yunan. Conmovido por la historia y las aspiraciones de Sinbad, Yunan lo encamina hacia un dungeon que presumiblemente contiene el poder necesario para que Sinbad cumpla sus sueños: el «poder de un rey».
Magi: Sinbad no Bouken relata los inicios del viaje de Sinbad mientras recorre el mundo, perfeccionando sus habilidades e influencia, reunido aliados y poder, con el destino final de convertirse en el Gran Rey de los Siete Mares.