En la moderna y bien desarrollada ciudad de Kazamatsuri, famosa por su creciente vegetación y sus arraigadas tradiciones japonesas, vive Kotarou Tennouji, un estudiante de secundaria que no comparte del todo los valores comunes de la ciudad. Este chico orgulloso y entrometido pasa sus días buscando diversión, molestando a su autoproclamado amigo delincuente Haruhiko y alimentando sus sentimientos románticos por la excéntrica Kotori.
Kotarou posee una habilidad sobrehumana para reescribir permanentemente cualquier parte de su cuerpo, mejorando su fuerza o velocidad, lo que lo atrae naturalmente hacia lo sobrenatural. Un encuentro especial con Akane Senri, la única miembro y presidenta del Club de Investigación de lo Oculto, conocida como 'Witch', lleva a Kotarou a revivir el Club de lo Oculto. Recluta a Kotori y a otros tres miembros: Chihaya, recién llegada al instituto y de carácter torpe; Lucia, la representante de clase de rigurosidad estricta; y la discreta Shizuru. A medida que Kotarou descubre los secretos ocultos de cada miembro del Club de lo Oculto a través de sus aventuras compartidas, se enfrentará inevitablemente a un destino que solo él podría ser capaz de reescribir.