Cuando los "Sirenas", una fuerza extraterrestre que posee un armamento mucho más avanzado que la tecnología actual, aparecieron sin previo aviso, la humanidad dejó de lado sus divisiones y se unió por primera vez. Cuatro naciones—la Eagle Union, la Royal Navy, el Sakura Empire y el Iron Blood—establecieron Azur Lane, avanzando en la guerra moderna y logrando una victoria inicial contra su enemigo común. Sin embargo, las ideologías enfrentadas pronto amenazaron esta frágil alianza, dividiéndola en dos. El Sakura Empire y el Iron Blood se separaron para formar el Red Axis, y la humanidad una vez más se encontró dividida.
Una combatiente veterana y curtida en batalla, la "Grey Ghost" Enterprise, lleva las esperanzas de Azur Lane de poner fin a la guerra. Sin embargo, detrás de su estoica apariencia se esconde una chica vulnerable que le teme al mar. Aun así, continúa luchando, convencida de que ese es su único propósito de existir. Mientras tanto, tres naves de la unión—Javelin, Laffey y Unicorn—descubren a Ayanami, espía del Red Axis. Aunque sus esfuerzos por hacerse amiga de ella parecen inútiles dado sus bandos opuestos, persisten, con la esperanza de que su amistad algún día prevalezca.
Dentro del conflicto interminable de la humanidad, las claves para reunir a la raza fracturada pueden existir en una soldado que acepta su naturaleza misteriosa y en los lazos de camaradería entre aquellos con ideales opuestos.
