Desde el inicio de los tiempos, la humanidad ha permanecido en la oscuridad sobre los misterios de la muerte, pero la pregunta sobre qué ocurre con el alma después de fallecer pronto se responde para Yuzuru Otonashi, de 17 años. Al despertar sin recuerdos en una dimensión entre la vida y la muerte, descubre la inquietante verdad del más allá. Este extraño reino, que toma la forma de una escuela secundaria, sirve como santuario para aquellos que sufrieron muertes injustas. Sintiéndose traicionados por Dios durante sus vidas, los estudiantes han formado el Afterlife Battlefront, un grupo rebelde que pretende oponerse a su presidenta del consejo estudiantil, Kanade «Angel» Tachibana, de apariencia divina. Su líder, Yuri Nakamura, recluta a Otonashi para unirse a su causa y tomar control de sus propios destinos. Sin embargo, dudando de la moralidad de su rebelión, Otonashi se infiltra en las filas enemigas para obtener una perspectiva sobre su destino compartido.