Sinopsis
En 2148, dos años después de la conclusión de la serie de televisión Fafner in the Azure, la isla Tatsumiya y sus habitantes restantes han logrado cierto grado de recuperación. Sin embargo, la situación del protagonista Kazuki se ha vuelto grave: casi ciego y parcialmente paralizado por sus batallas con los Festum dos años antes, se aferra a la promesa que su amigo caído Soushi hizo de regresar a la isla y arreglar las cosas. Las esperanzas de Kazuki aumentan cuando una noche se detecta una forma de vida dentro de un submarino no tripulado que se desvía hacia la bahía de Tatsumiya, pero la persona a bordo no es Soushi; en cambio, es un misterioso chico llamado Misao Kurusu, que puede no ser completamente humano y afirma haber sido enviado por Soushi. Con la llegada de Misao, el conflicto entre el Ejército Humano y los Festum se reaviva, y los pilotos de Fafner se enfrentan a su batalla más desesperada hasta ahora, esta vez con el destino de dos razas en juego.