Après que son père a été tué, Ryuuko Matoi traverse le pays à la recherche de son meurtrier. Son seul indice est la moitié manquante de sa création, le Scissor Blade, qui la mène à l'Académie Honnouji, un lycée d'élite pas comme les autres. L'académie est contrôlée par la présidente du conseil des élèves, la sévère et impitoyable Satsuki Kiryuuin, et ses redoutables subordonnés, l'Elite Four. Dans le système de classement impitoyable de l'école, Satsuki accorde aux meilleurs élèves des vêtements spéciaux appelés « Goku Uniforms », qui confèrent des capacités surhumaines uniques.
Vaincue de manière retentissante dans un combat contre un étudiant en uniforme, Ryuuko retourne à sa maison détruite et découvre Senketsu, un rare « Kamui » (vêtement divin) doué de conscience. Lorsque Senketsu entre en contact avec le sang de Ryuuko, il s'éveille, s'attache à elle et lui confère un immense pouvoir. Armée de Senketsu et du Scissor Blade, Ryuuko affronte l'Elite Four, déterminée à atteindre Satsuki et à découvrir enfin la vérité derrière le meurtre de son père.