Pendant les vacances d'hiver, l'Académie pour filles Reien est en proie à une série d'incidents étranges. Azaka Kokutou, une étudiante et apprentie magicienne, est envoyée par son maître pour enquêter. Elle découvre qu'une autre magicienne vole les souvenirs des élèves via des fées — des entités qui, malgré ses capacités magiques, restent invisibles pour Azaka. En conséquence, Shiki Ryougi, une connaissance dotée d'yeux uniques capables de percevoir ce qu'Azaka ne voit pas, est également envoyée à l'académie pour l'assister. Les deux ont cependant du mal à coopérer, principalement parce qu'Azaka considère Shiki comme une rivale amoureuse. Mais alors que la situation avec les fées s'aggrave rapidement et que les couches plus profondes du mystère se révèlent, Azaka doit apprendre à travailler aux côtés de Shiki pour sauver ses camarades de classe.

Dans cette partie

En février 1999, Shiki Ryougi et Mikiya Kokutou sont troublés par une série de meurtres. Ces meurtres ressemblent étrangement à une vague d'homicides survenue en 1995, année où Shiki et Mikiya se sont rencontrés pour la première fois, et ils réveillent en Shiki un désir meurtrier latent qui sommeillait en elle depuis cette époque. Alors que les soupçons se portent sur Shiki en raison de son lien avec les morts précédentes et de sa prétendue similitude avec le meurtrier, elle et Mikiya se lancent à la recherche du véritable coupable. Tandis qu'ils enquêtent séparément, Mikiya devient de plus en plus inquiet pour la sécurité de Shiki et se précipite pour retrouver le tueur, espérant protéger Shiki de ses propres pulsions intérieures. Suivant une piste fournie par son cousin, l'inspecteur de police Daisuke Akimi, Mikiya descend dans les profondeurs obscures de la ville de Mifune, où la rédemption de l'âme de Shiki dépend de sa détermination à laver son nom une fois pour toutes.