No coração da Terra encontra-se o Abyss, um abismo imenso povoado por criaturas bizarras e relíquias de eras esquecidas. Sua origem e o que se esconde em seu ponto mais profundo continuam sendo mistérios que inúmeros exploradores, conhecidos como Mergulhadores, arriscaram suas vidas para desvendar ao penetrar em suas zonas mais sombrias. Entre eles, os mais hábeis e corajosos, os White Whistles, são venerados como lendas por aqueles que vivem na superfície.
Riko, filha da desaparecida White Whistle Lyza, a Aniquiladora, sonha em seguir os passos da mãe e explorar as profundezas mais distantes do Abyss. Contudo, ela é apenas uma novata Red Whistle, com permissão para explorar somente a camada mais superior. Certo dia, ela encontra acidentalmente um robô misterioso com aparência de garoto comum, a quem batiza de Reg. Ele não possui memória de nada ocorrido antes de sua descoberta. Convencida de que a tecnologia de Reg provém das profundezas do Abyss, os dois decidem viajar pelo abismo: Reg em busca de suas memórias perdidas e Riko para ver o fundo do grande poço com seus próprios olhos. No entanto, ambos permanecem alheios às verdades cruéis que os aguardam na realidade verdadeira do Abyss.