Em novembro de 1998, um duplo homicídio ocorre no recém-construído complexo de apartamentos Ogawa, no centro da cidade de Mifune. O assassino, Tomoe Enjou, foge em pânico. Para sua surpresa, a polícia não o persegue, e o incidente não recebe cobertura da mídia. Depois que Shiki Ryougi protege Tomoe de um grupo de valentões, ela o deixa se esconder em sua casa. Alguns dias depois, Tomoe fica horrorizado ao descobrir que a mãe dele ainda está viva, mesmo tendo certeza de que a matou. Enquanto isso, Mikiya Kokutou investiga uma dica que sua colega Touko Aozaki recebe sobre o assassinato no incomum complexo de apartamentos. Conforme Mikiya descobre mais detalhes sobre o incidente, ele se interessa especialmente por Tomoe. Decidindo investigá-lo mais a fundo, Mikiya logo descobre a verdade perturbadora por trás do sinistro complexo Ogawa. A quinta entrada da série de filmes Kara no Kyoukai, Mujun Rasen, combina um mistério intrincadamente construído com temas e personagens já estabelecidos para criar uma história sombria e instigante.

Nesta parte

Durante as férias de inverno, a Academia Feminina Reien é assolada por uma série de incidentes estranhos. Azaka Kokutou, uma estudante e aprendiz de maga, é enviada por sua mestre para investigar o caso. Ela descobre que outra maga está roubando as memórias das estudantes através de fadas—entidades que, apesar de sua habilidade mágica, permanecem invisíveis para Azaka. Consequentemente, Shiki Ryougi, uma conhecida dotada de olhos únicos que podem enxergar o que Azaka não consegue, também é enviada à academia para ajudar. As duas, no entanto, têm dificuldade em cooperar, em grande parte porque Azaka vê Shiki como uma rival romântica. Mas, à medida que a situação das fadas escala rapidamente e camadas mais profundas do mistério vêm à tona, Azaka precisa aprender a trabalhar ao lado de Shiki para resgatar suas colegas de classe.