Il y a trente ans, un cataclysmique séisme spatial a dévasté la masse continentale eurasienne, faisant plus de 150 millions de victimes lors d'un phénomène d'origine inconnue. Depuis, le monde subit des perturbations sismiques périodiques, bien que moins intenses. Shidou Itsuka, un lycéen ordinaire vivant avec sa jeune sœur Kotori, voit son quotidien bouleversé lorsqu'un nouveau séisme spatial menace la ville de Tengu. En se précipitant pour sauver Kotori, Shidou est entraîné vers l'épicentre où il rencontre une mystérieuse jeune fille appelée Spirit, une entité surnaturelle capable de provoquer ces catastrophes. Coincé entre le Spirit et l'Anti-Spirit Team, une organisation militariste vouée à leur élimination, Shidou fait également la connaissance de Ratatoskr, un groupe dédié à la protection des Spirits. Fait surprenant, cette organisation est dirigée par sa propre sœur, Kotori. Elle recrute Shidou pour neutraliser la menace via une méthode singulière : il doit faire tomber les Spirits amoureux de lui. Alors que l'existence même de la planète est en jeu, Shidou doit miser sur ses talents romantiques pour séduire chaque Spirit et sceller leurs pouvoirs.