Autrefois, Edo rayonnait grâce à l'esprit et à l'ambition des samouraïs venus de tout le pays. Cependant, après que le Japon féodal se soit incliné devant de puissants envahisseurs aliens connus sous le nom d'Amanto, ces rêves semblent désormais hors de portée. Le shogunat jadis influent a été transformé en un gouvernement fantoche, tandis qu'une nouvelle loi interdit rapidement le port d'épées en public.
Voici Gintoki Sakata, un homme excentrique aux cheveux argentés qui porte toujours une épée en bois et continue de vivre comme un samouraï malgré l'interdiction. En tant que fondateur de Yorozuya, une petite entreprise acceptant toutes sortes de petits boulots, Gintoki part souvent aider les autres, bien que de manière généralement bizarre et imprévisible.
Avec l'aide de Shinpachi Shimura, un garçon portant des lunettes qui est censé suivre la voie du samouraï ; de Kagura, une fille garçonne dotée d'une force surhumaine et d'un appétit insatiable ; ainsi que de Sadaharu, leur énorme chien de compagnie qui adore mordre les gens dans la tête, Yorozuya fait face à tout, de la royauté extraterrestre aux affrontements avec des gangs locaux, au sein du monde en constante évolution d'Edo.