Gintoki, Shinpachi et Kagura font leur retour en tant que membres de la Yorozuya, une équipe éternellement ruinée mais pleine de bonne humeur. Dans cet Edo alternatif où les épées sont bannies et où le Japon a été envahi par des aliens, ils acceptent toutes les petites missions pour survivre. Pourtant, Shinpachi et Kagura n'ont jamais reçu le moindre paiement : Gin-chan gaspillerait-il réellement tout l'argent au pachinko ?
Un soir, après être rentré ivre en titubant, Gintoki assiste au crash d'un vaisseau alien à proximité. Un membre d'équipage mourant en sort et lui remet un étrange dispositif en forme d'horloge, l'avertissant qu'il renferme un pouvoir immense et doit être protégé. Prenant l'objet pour son réveil, Gintoki le brise le lendemain matin, découvrant alors que le monde entier, à l'exception de son appartement, est figé dans le temps. Accompagné de Kagura et Shinpachi, il se lance à la recherche d'une réparation pour l'appareil ; mais comme d'habitude, rien ne se passe sans encombre pour la bande des Yorozuya.
Alliant humour irrévérencieux et drame sincère, la quatrième saison de Gintama embarque ses héros dans leurs aventures les plus ridicules et leurs menaces les plus périlleuses à ce jour.