戦国時代、"薬売り"と呼ばれる謎めいた致命な呪術師が、邪悪な精霊"モノノ怪"を狩って旅をしていた。彼がモノノ怪を見つけると、単に破壊するだけでは済まなかった。まずその"形"、"真"、"理"を解き明かし、強力な"退魔の剣"を正しく振るう必要があった。これには慎重な心理分析と綿密な調査が必要であり、彼を排除する前に、そのモノノ怪と向き合い理解することを迫る危険な道であった。
旅の途中、薬売りは古い旅館に到着し、妊娠した"シノ"という女性が休憩のために部屋を予約していた。旅館の主人は渋々ながら、最後の空いている部屋を彼女に与えた。しかし、シノはすぐに、自分の新しい部屋が"座敷わらし"と呼ばれる致命的なモノノ怪の群れに憑かれていることに気づく。狩人の直感に導かれ、薬売りはこれらの精霊がさらに命を奪う前に、その形、真、理を解き明かすための調査を始めた。