Sinopsis
Tras la derrota de un misterioso enemigo, Yuma Tsukumo, con la ayuda de Kaito Tenjou y Ryouga "Shark" Kamishiro, frustra con éxito los planes de los Barian. Sin embargo, Yuma sigue dedicado a reunir las Cartas Número para ayudar a Astral a recuperar sus recuerdos. Los Siete Emperadores Barian se enteran de la misión de Yuma y Astral y comienzan a cazar las cartas por su cuenta, con el objetivo de destruir la dimensión de Astral a cambio de salvar la suya propia. Aunque solo aparecen cinco emperadores, resuelven por unanimidad eliminar a Astral y Yuma de una vez por todas. Mientras tanto, fortalecidos por sus nuevas habilidades ZEXAL, Astral y Yuma se esfuerzan por derrotar a la fuerza enemiga que amenaza la Tierra y el universo en general. Yu☆Gi☆Oh! Zexal Second revela los misterios y sorpresas desagradables que siguen a las dificultades de Yuma. Mientras Astral lidia con aceptar su pasado y sus posibles consecuencias, ¿seguirán los dioses bendiciendo a Yuma con buena fortuna durante este próximo peligroso viaje?