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Le scientifique inventif Rintarou Okabe, animé par une soif dévorante de découvertes, fonde le Future Gadget Laboratory avec sa colocataire Mayuri Shiina, une amie au grand cœur mais peu douée, et Itaru Hashida. Leur objectif est de créer des avancées technologiques défiant l'entendement humain, bien que leur seule invention notable à ce jour soit un micro-ondes capable de transformer des bananes en une boue verte. Lorsqu'Okabe assiste à une conférence sur le voyage dans le temps, une série d'événements étranges révèle que leur gadget, le Phone Microwave, possède un potentiel bien plus vaste qu'initialement prévu. Cet appareil permet d'envoyer des messages texte vers le passé. En explorant davantage cette machine à voyager dans le temps de fortune, Okabe attire les foudres de l'organisation obscure SERN. Cette découverte révolutionnaire plonge Okabe et ses amis dans un danger permanent. Tandis qu'il tente de réparer les dégâts infligés à la chronologie par son invention, Okabe se bat non seulement pour protéger ses proches, mais aussi pour préserver sa propre santé mentale qui commence à vaciller.

En 2010, le Saint Empire de Britannia consolide sa domination militaire en conquérant le Japon. Après une défaite rapide, l'archipel est rebaptisé Zone 11, tandis que ses habitants luttent farouchement contre les occupants pour retrouver leur indépendance. Lelouch Lamperouge, un étudiant de nationalité britannienne, se retrouve piégé lors d'une fusillade entre l'armée impériale et les insurgés de la Zone 11. Il survit grâce à l'intervention soudaine d'une mystérieuse jeune fille nommée C.C., qui lui confère le Geass, le « Pouvoir des Rois ». Conscient de la puissance dévastatrice de ce don d'obéissance absolue, Lelouch embrasse un chemin périlleux en tant que justicier masqué Zero. Il mène alors une campagne impitoyable contre Britannia, déterminé à réaliser sa vengeance ultime.

En l'an 2071, l'humanité a étendu sa colonisation à travers la galaxie, mais des maux terrestres persistants comme les homicides, la toxicomanie et les vols continuent de sévir. En réponse, une foule de chasseurs de primes endurcis traque les hors-la-loi intergalactiques. Spike Spiegel et Jet Black sillonnent l'espace, traquant des criminels pour assurer leur modeste subsistance. Sous le masque d'un Spike apparemment idiot et détaché se dissimule le lourd fardeau d'un passé violent, tandis que Jet affronte ses propres souvenirs douloureux tout en veillant sur Spike et leur vaisseau, le Bebop. Ils sont bientôt rejoints par la séduisante escroc Faye Valentine, l'enfant excentrique Edward Wong Hau Pepelu Tivrusky IV et Ein, un corgi gallois biogénétique. Tandis que l'équipage du Bebop consolide ses liens et capture une grande variété de malfaiteurs, leurs existences sont secouées par une menace émergeant du passé de Spike. Alors que le plan démentiel d'un rival se met en place, Spike doit choisir entre sa vie auprès de sa nouvelle famille ou la poursuite de ses vieilles rancunes pour la vengeance.

Des parasites extraterrestres atterrissent soudainement sur Terre, infiltrant l'humanité en s'enfonçant dans le cerveau de victimes vulnérables. Ces créatures insatiables prennent le contrôle total de leurs hôtes et peuvent se métamorphoser en diverses formes pour chasser des proies sans méfiance. Shinichi Izumi, un lycéen de seize ans, est attaqué par l'un de ces parasites, mais celui-ci échoue à envahir son cerveau et se retrouve piégé dans sa main droite. Incapable de se rendre seul à sa destination prévue, le parasite, nommé Migi, doit compter sur Shinichi pour survivre. Cette situation oblige le duo à une coexistence précaire alors qu'ils se défendent contre des parasites hostiles déterminés à éliminer cette nouvelle menace pour leur espèce.

Quinze ans après le désastreux Second Impact, l'humanité se trouve harcelée par des entités angéliques colossales, les Anges, qui s'attaquent successivement à Tokyo-3. En dépit du déploiement de leurs armements et stratégies militaires les plus sophistiqués, les humains demeurent impuissants face à ces adversaires. Le seul espoir réside dans la NERV, une organisation secrète dirigée par l'impitoyable Gendou Ikari. Cette entité exploite d'immenses robots humanoïdes nommés Evangelions, dotés d'armures de pointe et de boucliers protecteurs appelés Champs de Terreur Absolus, afin de contrer les Anges. Après des années d'abandon de la part de son père, Shinji Ikari, âgé de quatorze ans, fait son retour à Tokyo-3. Il lutte perpétuellement contre un traumatisme profond engendré par la disparition de sa mère et la négligence affective de son géniteur. Craignant d'établir des liens émotionnels, la vie de Shinji bascule lorsqu'il rencontre Misato Katsuragi, une officière supérieure de vingt-neuf ans au sein de la NERV, qui lui offre la chaleur maternelle qu'il n'a jamais connue. Une attaque inopinée d'un Ange contraint Shinji à l'action, révélant la véritable raison de sa convocation par Gendou : Shinji est le seul susceptible de piloter efficacement l'Evangelion Unité-01, un nouveau robot qui se synchronise avec ses signaux biologiques. Malgré les tourments psychologiques intenses provoqués par le pilotage d'un Evangelion, Shinji se dresse pour défendre Tokyo-3 contre la menace angélique, ignorant les sombres manigances de son père.

Un an après l'échec de la Rébellion Noire contre le Saint Empire de Britannia et la disparition du justicier masqué Zero, les Chevaliers Noirs, groupe de résistance de la Zone 11, sont trop affaiblis pour contrer la brutalité accrue de Britannia envers les Eleven, une répression destinée à étouffer tout espoir de futur soulèvement. Parallèlement, Lelouch Lamperouge, ayant perdu tout souvenir de sa double vie, mène une existence paisible en tant qu'étudiant au lycée d'Ashford Academy aux côtés de ses amis. C.C., son ancienne partenaire, refuse d'accepter cette situation et décide de lui rappeler son passé, espérant que le cerveau de Zero renaîsse pour mener à bien ce qu'il a commencé.

Dans un avenir lointain où les gigantesques Klaxosaurs ont réduit l'humanité à la lisière de l'extinction, les survivants se sont repliés dans des cités fortifiées connues sous le nom de Plantations. Au sein de ces enceintes, des enfants sont élevés pour piloter des méchas géants appelés FranXX en binômes mixtes, ces machines étant les seules armes capables de tenir tête aux monstres. Isolés du monde extérieur, ces jeunes gens ignorent tout de la réalité au-delà de leurs murs et ne peuvent justifier leur existence que par la défense de leur espèce. Hiro, un garçon destiné à devenir pilote, a perdu sa détermination et sa confiance après avoir échoué à un test d'aptitude. Il manque la cérémonie de remise des diplômes de sa classe et se cache près d'un lac forestier, où il croise une mystérieuse jeune fille cornue se faisant appeler Zero Two. Son code la désigne comme la tristement célèbre « Tueuse de partenaires », une pilote ayant entraîné tous ses partenaires précédents vers la mort. Avant que Hiro ne puisse pleinement saisir la portée de cette rencontre, un Klaxosaur attaque la Plantation. Zero Two affronte la créature dans son FranXX mais subit de lourds dégâts et s'écrase près de Hiro. Constatant que son partenaire précédent est mort, elle invite Hiro à prendre les commandes. Ensemble, ils vainquent le Klaxosaur avec une facilité déconcertante. Désormais lié à une nouvelle partenaire, Hiro entrevoit une chance de rédemption, mais il doit se demander quel prix cette seconde chance exigera.

Simon et Kamina ont grandi dans un village souterrain profond, isolés du monde légendaire de la surface. Kamina est un rebelle fougueux et impulsif, décidé à créer sa propre légende, alors que Simon est un garçon timide dépourvu de véritables rêves. Un jour, en creusant la terre, Simon trouve un objet étrange qui s'avère être la clé d'activation d'une ancienne machine de guerre, qu'ils baptisent Lagann. Grâce à cette nouvelle arme, Simon et Kamina repoussent une attaque soudaine venue d'en haut, aidés par Yoko Littner, une rousse féroce équipée d'un gros fusil qui traverse le monde de surface. Après ce combat, le ciel devient visible pour la première fois, incitant Simon et Kamina à entreprendre un voyage avec Yoko à travers la surface aride. Ils rejoignent rapidement la lutte contre les "Beastmen", des monstres humanoïdes qui oppriment les restes de l'humanité à l'aide de puissants mechas nommés "Gunmen". Malgré les épreuves et les pertes subies, le trio combat courageusement ces ennemis aux côtés d'autres survivants pour reconquérir la surface, découvrant progressivement un mystère qui s'étend à l'échelle de toute la galaxie.

La conception et l'application de la justice ont radicalement changé. Au XXIIe siècle, le Japon est régi par le système Sibyl, un mécanisme objectif évaluant le niveau de dangerosité de chaque citoyen en scrutant son état psychique pour y déceler des penchants criminels, une valeur appelée Psycho-Pass. Les Inspecteurs assurent le maintien de l'ordre en éliminant, souvent de manière létale, toute personne affichant la moindre intention malveillante ; ils sont assistés par des Enforcers, d'anciens citoyens devenus criminels latents qui bénéficient d'une liberté restreinte en contrepartie de leur exécution des tâches sombres dévolues aux Inspecteurs. C'est dans ce contexte qu'arrive Akane Tsunemori, une jeune femme animée par une volonté sincère de servir la justice. Cependant, alors qu'elle travaille aux côtés de l'Enforcer Shinya Kougami, un vétéran expérimenté, elle comprend rapidement que les verdicts rendus par le système Sibyl ne sont pas aussi infaillibles que le pensent ses collègues Inspecteurs. Ses convictions fondamentales étant remises en question, Akane se trouve confrontée à la véritable nature de la justice et à la possibilité de son accomplissement au sein d'un système qui pourrait être fondamentalement défaillant.

Au cœur de la terre se dresse un immense gouffre nommé l'Abysse, peuplé d'espèces étranges et truffé de reliques issues d'ères passées. Ses origines et la nature de ses profondeurs les plus abyssales demeurent des énigmes que d'innombrables explorateurs, surnommés les Plongeurs, ont tenté de percer en plongeant dans ses ténèbres les plus sombres. Parmi eux, les Sifflets Blancs, ces Plongeurs au courage et à la compétence légendaires, sont vénérés par ceux qui vivent en surface. Riko, fille de la disparue Lyza l'Annihilatrice, une célèbre Sifflet Blanc, aspire à suivre les traces de sa mère et à explorer les niveaux les plus profonds de l'Abysse. Toutefois, en tant que novice Sifflet Rouge, elle n'a le droit de descendre que jusqu'à la couche la plus haute. Un jour, elle découvre un mystérieux robot ayant l'apparence d'un garçon ordinaire. Elle lui donne le nom de Reg, qui ne conserve aucun souvenir de sa vie avant d'être trouvé. Confiante que la technologie constituant Reg provient des entrailles de l'Abysse, les deux enfants décident de plonger ensemble dans le gouffre : Reg pour retrouver ses souvenirs perdus et Riko pour contempler de ses propres yeux le fond du grand puits. Pourtant, ils ignorent encore les vérités cruelles qui les attendent au sein de la réalité véritable de l'Abysse.

Depuis des années, l'humanité est tourmentée par une affliction chaotique : la combustion humaine spontanée. Ce phénomène transforme aléatoirement des individus ordinaires en Infernaux, des créatures flamboyantes et agressives qui représentent la première génération de cette malédiction. En revanche, les humains de deuxième et troisième génération, appelés pyrokinétiques, parviennent à manipuler et contrôler leurs flammes tout en conservant leur humanité. Pour contrer la menace des Infernaux et élucider leurs origines, les Forces armées de Tokyo, l'Agence de défense incendie et la Sainte Église de Sol ont établi la Force Spéciale de Pompiers. Shinra Kusakabe, un pyrokinétique de troisième génération surnommé Pas du Diable en raison de sa capacité explosive à enflammer ses pieds à volonté, intègre la dynamique 8e Compagnie de cette force. Fidèle à la mission de son unité, qui consiste à éteindre les Infernaux enragés et à apaiser leurs esprits, Shinra est déterminé à devenir un héros capable de sauver ceux qui souffrent de la terreur des flammes. Cependant, l'aventure de Shinra ne ressemble pas du tout à celle qu'il avait imaginée. La Force Spéciale de Pompiers s'avère être un enchevêtrement divisé de brigades querelleuses, tandis que les apparitions anormales d'Infernaux se multiplient à travers tout Tokyo. De surcroît, un groupe mystérieux affirme détenir des connaissances sur le sinistre incendie ayant coûté la vie à la famille de Shinra il y a douze ans. Confronté à de nombreux obstacles internes et externes, Shinra se bat pour révéler la vérité cachée derrière ces mystères ardents qui l'ont longtemps maintenu dans l'ombre.

Ganta Igarashi croyait s'apprêter à un voyage scolaire classique vers Deadman Wonderland, un parc d'attractions édifié autour d'une prison où les condamnés donnent des spectacles saisissants pour un public payant. Tout bascule lorsqu'une silhouette mystérieuse vêtue de rouge surgit et massacre l'intégralité de sa classe. Faussement accusé de ces meurtres et condamné à mort, Ganta est jeté dans la prison même qu'il venait visiter. Son cauchemar débute alors qu'il est plongé au cœur d'un univers de détenus brutaux dotés de pouvoirs étranges. Muni d'un collier qui le tuera s'il échoue aux épreuves mortelles imposées par la prison, Ganta doit survivre dans un lieu périlleux où la confiance est rare. Il lutte pour rester en vie tout en traquant l'Homme en rouge afin de laver son nom au sein de Deadman Wonderland.

Le 24 décembre 2029, une date qui passera à la postérité sous le nom de « Noël perdu », le virus de l'Apocalypse dévaste le Japon, causant une hécatombe et plongeant la nation dans un chaos absolu. Pour tenter de rétablir l'ordre, les Nations unies déploient le GHQ afin de contenir l'épidémie, une manœuvre qui aboutit à l'éviction totale de l'indépendance politique japonaise. Dix ans plus tard, le pays demeure sous la lourde tutelle du GHQ, incapable de secouer son joug. Rongé par le mécontentement face à cette situation, un groupe de rebelles nommé « Funeral Parlor » tente de libérer le Japon de l'emprise du GHQ. Dirigé par le charismatique Gai Tsutsugami, ce groupe projette de s'emparer d'une fiole contenant le « Void Genome » pour servir sa cause. Ce précieux artefact finit par tomber aux mains d'Inori Yuzuriha, une chanteuse en ligne qui se retrouve alors traquée par les forces anti-corps du GHQ. Sans issue, elle se réfugie dans un entrepôt où elle croise la route de Shuu Ouma, un lycéen maladroit et fervent admirateur de sa musique. Dès que Shuu décide d'aider Inori, il est entraîné dans la tourmente ; la fiole du Void Genome se brise dans sa main, lui octroyant le « Power of the Kings ». Tandis qu'il lutte pour maîtriser cette redoutable nouvelle capacité, Shuu se voit contraint de se battre pour arracher le Japon à ses oppresseurs cruels.

Autrefois, Edo rayonnait grâce à l'esprit et à l'ambition des samouraïs venus de tout le pays. Cependant, après que le Japon féodal se soit incliné devant de puissants envahisseurs aliens connus sous le nom d'Amanto, ces rêves semblent désormais hors de portée. Le shogunat jadis influent a été transformé en un gouvernement fantoche, tandis qu'une nouvelle loi interdit rapidement le port d'épées en public. Voici Gintoki Sakata, un homme excentrique aux cheveux argentés qui porte toujours une épée en bois et continue de vivre comme un samouraï malgré l'interdiction. En tant que fondateur de Yorozuya, une petite entreprise acceptant toutes sortes de petits boulots, Gintoki part souvent aider les autres, bien que de manière généralement bizarre et imprévisible. Avec l'aide de Shinpachi Shimura, un garçon portant des lunettes qui est censé suivre la voie du samouraï ; de Kagura, une fille garçonne dotée d'une force surhumaine et d'un appétit insatiable ; ainsi que de Sadaharu, leur énorme chien de compagnie qui adore mordre les gens dans la tête, Yorozuya fait face à tout, de la royauté extraterrestre aux affrontements avec des gangs locaux, au sein du monde en constante évolution d'Edo.

Au début du XXIe siècle, la magie a évolué d'une légende ancienne pour devenir une discipline académique raffinée. La First High School, l'établissement le plus prestigieux dédié aux utilisateurs de magie, classe ses élèves selon leurs résultats aux examens d'admission : ceux qui excellent rejoignent le First Course et sont surnommés « Blooms », tandis que ceux ayant des scores plus faibles sont assignés au Second Course et étiquetés « Weeds ». L'intrigue de Mahouka Koukou no Rettousei se concentre sur les frères et sœurs Tatsuya et Miyuki Shiba. Grâce à ses talents exceptionnels, Miyuki obtient une place au First Course, alors que Tatsuya est relégué au Second Course en raison de ses piètres résultats lors des épreuves pratiques. Pourtant, bien que considéré comme un « Weed », Tatsuya détient une vaste expertise technique, une maîtrise du combat hors pair et des pouvoirs magiques uniques, faisant de lui l'irrégulier de cette école de magie.

Il y a trente ans, un cataclysmique séisme spatial a dévasté la masse continentale eurasienne, faisant plus de 150 millions de victimes lors d'un phénomène d'origine inconnue. Depuis, le monde subit des perturbations sismiques périodiques, bien que moins intenses. Shidou Itsuka, un lycéen ordinaire vivant avec sa jeune sœur Kotori, voit son quotidien bouleversé lorsqu'un nouveau séisme spatial menace la ville de Tengu. En se précipitant pour sauver Kotori, Shidou est entraîné vers l'épicentre où il rencontre une mystérieuse jeune fille appelée Spirit, une entité surnaturelle capable de provoquer ces catastrophes. Coincé entre le Spirit et l'Anti-Spirit Team, une organisation militariste vouée à leur élimination, Shidou fait également la connaissance de Ratatoskr, un groupe dédié à la protection des Spirits. Fait surprenant, cette organisation est dirigée par sa propre sœur, Kotori. Elle recrute Shidou pour neutraliser la menace via une méthode singulière : il doit faire tomber les Spirits amoureux de lui. Alors que l'existence même de la planète est en jeu, Shidou doit miser sur ses talents romantiques pour séduire chaque Spirit et sceller leurs pouvoirs.

Dans la mégalopole futuriste de Night City, en Californie, les rêves sont condamnés à s'éteindre. David Martinez, un jeune homme des quartiers défavorisés, tente de concrétiser le souhait de toute une vie de sa mère : intégrer Arasaka, la société de sécurité la plus puissante au monde. Pour atteindre cet objectif, il fréquente l'excellente Académie Arasaka, tandis que sa mère travaille sans répit pour assurer la subsistance de leur foyer. Lorsqu'une altercation avec un gang de rue dévaste son existence, David découvre le Sandevistan, un implant cybernétique conférant une vitesse surhumaine. Consumé par la colère, il se fait greffer l'appareil dans le dos et s'en sert pour se venger de l'un de ses assaillants. Cet acte entraîne son expulsion de l'académie, anéantissant définitivement tout espoir de faire la fierté de sa mère. Après avoir constaté les nouvelles aptitudes de David, Lucyna « Lucy » Kushinada, une séduisante voleuse de données, lui propose une alliance, lui offrant ainsi une voie de salut. Cependant, côtoyer Lucy plonge David dans l'univers des Edgerunners, ces criminels cyborgs prêts à enfreindre toute loi pour le profit. Les Edgerunners meurent fréquemment, soit à cause de leurs implants cybernétiques, soit par effondrement mental, mais dans sa lutte pour survivre au sein d'un système corrompu, David est prêt à tout risquer.

À la suite du décès d'un ami proche, Shinji Ikari sombre dans un coma émotionnel. Incapable de piloter l'Evangelion Unit-01 en raison de son état mental, Shinji force la NERV de Gendou Ikari à engager une course contre le temps face à l'organisation secrète SEELE, chacun cherchant à exécuter son plan ultime en premier. Alors que SEELE vise la création d'une entité divine en fusionnant les âmes humaines au sein d'une unité Evangelion, Gendou ambitionne de ramener toute l'humanité à une forme primordiale unique pour retrouver Yui, son épouse décédée. SEELE déploie son armée pour lancer une attaque mortelle sur le quartier général de la NERV. Tandis que les troupes de SEELE massacrent les scientifiques et le personnel de sécurité, Asuka Langley Souryuu pilote l'Evangelion Unit-02 pour mener une défense ultime et désespérée contre les armes les plus puissantes de l'ennemi. Les tensions s'accroissent alors qu'un Shinji abattu se cache au plus profond de la NERV. Avec le destin du monde entre les mains de Shinji, le capitaine Misato Katsuragi cherche désespérément l'adolescent tandis que la société s'effondre autour d'eux.

À la suite de son échec aux examens d'entrée à l'université, Tsukasa Mizugaki, âgé de dix-huit ans, trouve un emploi à la Sion Artificial Intelligence Corporation grâce à ses relations personnelles. Cette entreprise produit des Giftias, des androïdes sophistiqués quasi indistinguables des humains, mais dont la durée de vie est limitée à 81 920 heures, soit environ neuf ans et quatre mois. Tsukasa est affecté au Terminal Service One, une unité chargée de récupérer les Giftias ayant atteint leur date d'expiration pour éviter qu'ils ne perdent leurs souvenirs et ne deviennent hostiles. Peu après son arrivée, il est jumelé avec Isla, une Giftia d'une beauté époustouflante et une vétérane du Terminal Service. Malgré sa petite taille et son air calme, elle est considérée comme la meilleure experte en récupération de Giftias. Alors que leur temps ensemble s'écoule, Tsukasa doit faire face à son affection grandissante pour Isla, réalisant que, quoi qu'on souhaite, rien ne dure éternellement.

La majorité des gens rejettent l'existence des extraterrestres, des voyageurs temporels et des médiums, et le lycéen ordinaire Kyon ne fait pas exception. Sa vision banale de la réalité est brisée dès le premier jour d'école lorsqu'il croise le chemin d'Haruhi Suzumiya, une fille déterminée à bouleverser son existence. Lors des présentations en classe, Haruhi exprime haut et fort son mépris pour les individus ordinaires et son ardent désir de rencontrer le surnaturel. Constatant l'absence d'un club scolaire dédié aux phénomènes paranormaux, elle fonde impulsivement la Brigade qui répand la joie dans le monde entier avec Haruhi Suzumiya, communément appelée la SOS Brigade. Haruhi recrute ensuite Kyon ainsi que trois autres élèves : Yuki Nagato, stoïque et passionnée de lecture ; Mikuru Asahina, une aînée timide ; et Itsuki Koizumi, toujours souriant. Bien qu'ils paraissent ordinaires, chaque membre cache des secrets liés à la nature excentrique de Haruhi. Entraîné dans son univers chaotique, Kyon accompagne la SOS Brigade dans diverses aventures qui révèlent peu à peu la véritable identité de leur leader énigmatique.

La République de San Magnolia affirme que son conflit contre l'Empire Giadian se déroule sans pertes humaines, une pure propagande. Tandis que les Alba aux cheveux argentés des quatre-vingt-cinq secteurs vivent protégés derrière leurs murs, des individus d'apparence différente sont relégués dans une faction secrète, la quatre-vingt-sixième. Désignés par l'armée comme les Eighty-Six, ils sont forcés d'affronter la Légion autonome de l'Empire sous les ordres des « Handlers » de la République. Vladilena Milizé est désignée comme nouvelle Handler pour l'escadron Spearhead, prenant la suite de son prédécesseur. Bannie par ses pairs pour sa défense des Eighty-Six, elle combat une discrimination inhumaine. Shinei Nouzen commande l'escadron Spearhead ; surnommé pour être le seul survivant de chaque escouade qu'il a rejointe, il porte avec lui les noms et les vœux de ses camarades tombés au combat. Lorsque les destins de ces deux jeunes âmes issues de mondes distincts s'entrecroisent, leur rencontre suscitera-t-elle l'étincelle d'un chemin vers le salut, ou les consumera-t-elle dans les flammes du désespoir ?

En 2021, le virus parasitaire Gastrea a ravagé l'humanité, transformant les infectés en monstres terrifiants. Les survivants se réfugient derrière des murs Monolith en Varanium, la seule substance capable de contrer les Gastrea. Pour résister à cette menace existentielle, la Tendo Civil Security mobilise des Initiators, de jeunes filles marquées par le virus et dotées de capacités surhumaines. Chaque Initiator est accompagnée d'un Promoter, un adulte chargé de la guider et de la protéger. Ces duos mènent des missions visant à éradiquer les créatures nées du virus. L'histoire suit Enju Aihara, une Initiator, et son Promoter, Satomi Rentaro, alors qu'ils luttent contre la crise grandissante des Gastrea à Tokyo.

En 1988, un jeune garçon doué de pouvoirs psychiques provoque une explosion dévastatrice à Tokyo, événement déclencheur de la Troisième Guerre mondiale. Pour prévenir de nouvelles catastrophes, il est emprisonné et effacé de la mémoire collective. Trente ans plus tard, le Neo-Tokyo reconstruit est gangrené par la guerre des gangs et le terrorisme antigouvernemental. Shoutarou Kaneda dirige « les Capsules », une bande de délinquants connus pour leurs motos personnalisées surdimensionnées et leur rivalité incessante avec leurs ennemis jurés, « les Clowns ». Lors d'un affrontement avec ces rivaux, Tetsuo Shima, le meilleur ami de Kaneda, entre en collision avec un individu aux pouvoirs psychiques ayant échappé à un centre gouvernemental. Cet incident réveille chez Tetsuo des capacités latentes et dangereuses. Tandis que les autorités tentent de contenir cette nouvelle menace psychique avant qu'elle ne détruise à nouveau la ville, les pouvoirs grandissants de Tetsuo le placent au cœur du chaos.

Après avoir échoué à sauver Makise Kurisu, Rintarou Okabe, l'excentrique savant fou autoproclamé, ne représente plus qu'une coquille vide. Accablé par la dépression, il délaisse son alter ego de scientifique pour mener une existence d'étudiant ordinaire, tentant d'ensevelir les horreurs de ses expériences de voyage dans le temps au milieu d'amis ignorants de son passé. Alors qu'il travaille comme réceptionniste dans un forum technologique, Okabe rencontre Maho Hiyajo, une jeune femme pleine d'entrain qui servira plus tard d'interprète lors d'une présentation du professeur Alexis Leskinen. Durant cet événement, Alexis et Maho dévoilent Amadeus, une IA révolutionnaire capable de simuler avec une fidélité parfaite les souvenirs, la personnalité et les particularités d'un individu. Après la démonstration, Okabe apprend que Maho et Alexis étaient des collègues universitaires de Kurisu ayant créé une simulation numérique de celle-ci. Chargé par Alexis d'étudier le comportement de l'IA, Okabe obtient l'opportunité d'interagir avec l'écho numérique de son amie perdue. Pris dans un enchevêtrement dangereux avec le passé, il doit affronter des réalités cruelles et naviguer à travers les conséquences périlleuses de l'altération du flux naturel du temps.