南ヨーロッパの国ソーヴィルにある豪華なサン=マルグリット学園に通う日本人学生の久城一弥は、特徴的な漆黒の髪と暗褐色の瞳のせいで「黒い死神」という不気味なあだ名を付けられ、孤立していた。彼が学校の大図書館で幽霊の話を探していると、階段に神秘的な金髪の一筋が落ちているのに気づく。その手がかりを辿って広大な庭園へと向かうと、そこには人形のような外見を持ち、未来の出来事を予知する不思議な能力を備えた少女ヴィクトリカ・ド・ブロワがいた。二人の運命が絡み合うにつれ、幽霊船や錬金術の力を持つ錬金術師など、一連の不可解な事件に巻き込まれていく。運命と独自の才能で結ばれた久城とヴィクトリカは、これらの難解な謎を解き明かすために互いに依存し合わなければならない。