Synopsis
Giovanni, le chef de la Team Rocket, localise Mewtwo dans une région isolée de Johto. Alors qu'il tente de recapturer Mewtwo, Sacha et ses amis sont enlevés par Domino, un nouveau membre de la Team Rocket, alors qu'ils essaient de sauver Pikachu des griffes de Jessie et James. Les Pokémon clones sont également saisis et utilisés comme appât pour attirer Mewtwo. S'ensuit un affrontement de volontés entre Mewtwo et Giovanni, tandis que Mewtwo cherche à comprendre si lui et les clones ont un sens dans l'existence, en dépit d'être des créations de la science.