El legendario Pokémon Renegado, Giratina, se cruza con el Pokémon Temporal Dialga cerca de un lago y lo obliga a entrar en su propio reino, una dimensión alternativa distinta del mundo normal. Un pequeño Pokémon verde es arrastrado en el caos; aunque logra escabullirse, Dialga aprovecha la oportunidad para huir antes de que Giratina pueda perseguirlo.
Después de arruinar sin querer un picnic para Satoshi y sus compañeros, el Pokémon verde es llevado a un Centro Pokémon para recibir atención médica y se revela que es Shaymin, el mítico Pokémon Agradecimiento. A través de comunicación telepática, Shaymin insiste en que Satoshi, Hikari y Takeshi lo escolten a un lugar específico. Antes de que puedan determinar a dónde quiere ir, el grupo se ve acosado tanto por Giratina como por una misteriosa figura llamada Zero, ambos con la intención de capturar a Shaymin. ¿Podrán Satoshi y sus amigos guiar a Shaymin hacia su destino mientras esquivan las amenazas que se les acercan?
