Es extremadamente inusual que una niña nazca portando dos almas separadas: una humana y la otra kaiju. Estos raros individuos, denominados «Kaiju Girls», aparentan ser humanos ordinarios, pero poseen las capacidades sobrenaturales de monstruos gigantes. Para ayudar a estas Kaiju Girls a controlar sus habilidades e integrarse en la sociedad, se fundó la Organización Internacional de Rescate y Mentoría de Kaiju —abreviada como GIRLS—.
Recientemente, tres jóvenes han experimentado el despertar de su mitad kaiju. La tímida Aki Miyashita obtiene el alma de Agira, la seria Reika Shiragane hereda a Windom, y la enérgica Miku Ushimaru recibe a Miclas. Las tres se unen a la organización GIRLS, donde cada una aprende a dominar sus poderes y a controlar sus impulsos monstruosos. Con el apoyo de quienes las rodean, Agira, Windom y Miclas llegan a comprender lo que realmente significa ser una Kaiju Girl.
