Varios meses después de que una sonda que regresaba de Marte se desintegrara durante la reentrada, misteriosas criaturas conocidas como "Ancients" comienzan a emerger por todo Tokio. Estos seres agresivos y peligrosos no pueden ser eliminados con armas convencionales. Mientras los investigadores luchan por determinar la razón de su repentina aparición, los monstruos causan destrucción generalizada a nivel mundial.
La humanidad descubre la esperanza con el traje MARS, un nuevo armamento diseñado para combatir a estos enemigos. Sin embargo, el traje solo puede ser operado por individuos que posean un ADN específico. Entra en escena Takeru Hinata, un adolescente típico con un pasado difícil y uno de los pocos capaces de pilotar la única arma efectiva contra los Ancients. Asistido por la AAST, una fuerza policial especializada formada para combatir a las peligrosas criaturas, el joven lucha contra demonios tanto personales como mundiales mientras intenta descubrir el verdadero origen de las nuevas amenazas de la Tierra.
